Земли, расположенные между Оксусом и Монголией, с населением, которое столетиями состояло преимущественно из тюрков, занимали ключевое положение в монгольской империи со времени ее возникновения под руководством Чингисхана. Для первого поколения монгольских завоевателей во времена до покорения Персии эти земли представляли собой пограничную зону и соответственно имели огромное значение в качестве базы для будущих завоевательных экспедиций. Поэтому были предусмотрены особые мероприятия по организации управления ими. Чингисхан предназначил эти земли для своего сына Чагатая (чьим именем затем стали называть жителей этого региона), однако он не обозначил границу между владениями Чагатая и Угэдэя. Поскольку оба брата осуществляли юрисдикцию в этом районе, иногда возникали неприятные ситуации. Однако мусульманский торговец Махмуд Ялавач (то есть «посол»), которого Угэдэй назначил правителем Трансоксианы со штаб-квартирой в Хоканде (Фергана), умело взялся за восстановление этой территории, которая была жестоко опустошена монгольским ураганом. Несмотря на восстание горожан и крестьян Бухары в 1238/39 году, он добился впечатляющего успеха в обеспечении роста цивилизации. Когда Чагатай приказал уволить правителя, великий хан настоял на его замене его сыном Масуд-беком, который добросовестно продолжил политику отца. Провинция Масуд-бека простиралась от Бешбалыка до Самарканда и Бухары, но он сам предпочитал жить в Бухаре, где успешно строил общественные здания. Его прозорливость в делах позволила Трансоксиане успешно пережить беспокойный период между смертью Угэдэя и возвышением Мункэ (1241–1251). Во время правления последнего его положение в качестве правителя укрепилось и в сферу его административного влияния были включены Туркестан, Хорезм и уйгурская земля. После фактической ликвидации власти орд как Чагатая, так и Угэдэя в 1252 году – после так называемого «заговора принца» – влияние Масуда, соответственно, возросло. Он стал действительным правителем Трансоксианы.
Быстрое возвращение земель к северу от Оксуса было остановлено монгольской гражданской войной. Когда Ариг-Буга начал чувствовать нужду, вызванную прекращением доставки продовольствия в Монголию из Китая, он направил на запад принца из рода Чагатая по имени Алгу, поручив ему обеспечение необходимого снабжения из Туркестана. Однако по прибытии в Туркестан Алгу проигнорировал свое поручение и решил захватить Хорезм у Золотой Орды, несмотря на существование политического партнерства между Берке и Ариг-Бугой. Начались военные действия между Алгу и правителем Монголии. Силы последнего, уже занятые на других фронтах, потерпели поражение, и Ариг-Буга был вынужден оставить Туркестан и Трансоксиану своему бывшему эмиссару. Алгу женился на Ерген (Оргин?)хатун, вдове внука Чагатая, женщине сильного характера. С помощью финансовых ресурсов, предоставленных Масуд-беком, он сохранил свое положение до своей смерти в 1266 году и увеличил свои владения за счет Берке, захватив Отрар на Сырдарье (Джаксарт).
Смерть Алгу положила начало длительным беспорядкам. Несколько принцев династии Чагатая оспаривали трон до тех пор, пока внук Угэдэя по имени Кайду не победил всех. Курултай, который он созвал в 1269 году, одобрил меры по восстановлению внутреннего порядка и защите городов и культивированных земель от кочевников. Такие действия были необходимы ввиду того, что незадолго до этого войска ильхана пересекли Оксус и разрушили Бухару. В то время как потомки Чагатая назначались титулованными правителями, реальная власть оставалась у Кайду. К сожалению, нет никаких сведений о делимитации границ на широких просторах Центральной Азии. Да и реальная ситуация в отношениях с Золотой Ордой не может быть установлена. Тем не менее представляется очевидным, что Берке и его преемники, находясь в тупике на Кавказе, договорились с Кайду объединиться против общего врага, ильхана, и отложили на время решение вопроса о захвата Хорезма и Отрара бывшим правителем Трансоксианы.