Подобно другим ближневосточным странам, Египет в середине XIII века подвергся великой трансформации. После падения династии Айюбидов ввезенные в страну мамлюкские рабские войска захватили власть и избрали своим командиром Котуза, благодаря способностям которого была одержана решающая победа над монгольскими захватчиками в 1260 году. Котуз был убит по личным мотивам сразу после сражения, однако его убийца и наследник Бейбарс оказался одной из великих личностей в мусульманской истории. Его героические действия все еще сохраняются в народных преданиях. Во время его правления была окончательно оформлена мамлюкская система управления Египтом. На ее вершине стояла аристократия из армейской касты. Султан защищал привилегии этой касты и пополнял ее ряды тщательно запланированным импортом дополнительных рабов. В основном они поступали из Южной России и с Кавказа. Их отправляли морем в Александрию византийские и итальянские посредники. Поскольку кавказский элемент быстро ассимилировался с тюркским элементом, правящий класс сохранял свой тюркский характер не только в речи, которая имела некоторое сходство с языком, на котором говорили на Волге, но и в общей культуре и социальной жизни. Короче говоря, внутренняя структура мамлюкского государства в целом напоминала структуру монгольских государств, построенных в этот период. Такое внутренне присущее сходство помогает объяснить, каким образом Египет мог стать колыбелью мощной военной организации, включая высокоэффективную разведку, специально организованную для защиты от монголов. Успеху этой организации Египет обязан сохранением своей территориальной независимости. Не только армейские системы, вооружение, понятия о воинской доблести и методы ведения боевых действий были сходными у обеих сторон. Но в Египте, как и в Персии, военная каста с тюркскими чертами была навязана чуждому этим чертам народу. Мамлюкская и монгольская феодальные системы были во многом идентичными, и обе они повлияли на последующее развитие османско-тюркского феодализма. Основной чертой была концентрация большей части земель в виде «военных фьефов» в руках господствующей чужеземной группы. В это время такая феодальная форма государства была типичной повсюду.
Юриспруденция и другие приобретенные в результате обучения профессии были организованы в какой-то мере аналогичным образом. Экономической основой являлся доход от вакуфов (waqf), религиозных фондов, основанных богатыми благотворителями посредством завещания или дарения некоторой части своих поместий религиозным сообществам – с пониманием того, что потомки основателей будут обеспечены доходными должностями или другими «кормушками», обеспечивающими им адекватный уровень жизни и иммунитет от риска конфискации со стороны постоянно нуждающихся мамлюков. Таким образом, большие владения сельскохозяйственной земли и даже городские жилища стали доступными для религиозных и благотворительных целей. Поскольку образование и теология были единственными профессиями, где коренные египтяне могли получить высокие должности, то в этой сфере наблюдался большой рост. Однако основными формами активности были компиляция и комментарии, едва ли в XIII и XIV веках появилась хотя бы одна творческая работа. Исторические записи тоже не отличались оригинальностью, хотя были написаны обширные летописи наряду с биографическими сборниками вроде ас-Сафади (ок. 1296–1383) и руководства по администрированию, подобно работе аль-Калкашанди (умер в 1418). Человеком по имени Ибн Таймия из Дамаска (1263–1328) было инициировано движение за религиозные реформы, но оно было сурово подавлено. Его призыв к возврату к примитивному исламу был принят как слишком большой вызов, и в Египте официально были основаны школы права. Тем не менее взгляды Ибн Таймии спокойно продолжали жить и сильно повлияли на современное ваххабитское движение.
Чисто административная сторона управления также была оставлена без особого внимания мамлюками, которые предпочитали им военные занятия, и она была заполнена лишь в относительно малой степени египтянами-мусульманами. Это была вотчина христиан (в особенности коптов) и евреев, которые, несмотря на преследования – например, в 1301 и 1321 годах, – продолжали, как и в прошлом, составлять главный элемент в бюрократии нильской долины, в частности в канцеляриях и отделах по сбору налогов. Традиционные бюрократические методы также находили применение, и египетская государственная машина продолжала вращаться, переживая все ошибки и неудачи своих хозяев. Мамлюкская аристократия не считала целесообразным признание наследственного принципа, а предпочитала сразу передавать власть в руки самого сильного генерала.