Наконец, в 431 г. на III Вселенском Соборе в Эфесе стараниями Кирилла и его единомышленников Несторий был отлучен от Константинопольской кафедры, на которую его возвели в 428 г., и отправлен, согласно его желанию, в монастырь возле Антиохии. Однако вскоре Несторий оказался в ссылке в Египте, где старика много раз в сопровождении солдат перегоняли с места на место, пока в 451 г. он не скончался со словами: «Ныне отпущаеши раба твоего, Владыко, яко видели очи мои спасение Твое». Несторий пережил своего гонителя на семь лет – св. Кирилл скончался в 444 году.
Победа св. Кирилла над Несторием была достигнута ценой раскола в Церкви – до сих пор многие восточные конфессии остаются не-халкидонскими, хотя причисляют себя – и не без оснований – к Православию.
Несмотря на серьезные недостатки характера и часто недостойные способы борьбы с противниками своих взглядов, св. Кирилл был глубоким, прекрасно образованным богословом, обладавшим тончайшей интуицией, особенно когда дело касалось догматических формулировок.
Первыми по времени среди многочисленных творений св. Кирилла были толкования на книги Св. Писания. В этих экзегетических трудах он пользовался традиционным для александрийцев со времен Филона и Оригена аллегорическим методом: «Отсеки бесполезность истории, – писал Кирилл, – и сними как бы древесину буквы, дойди до самой сердцевины растения, т. е. тщательно исследуй внутренний плод заповеданного и затем употреби в пищу». Под буквою Писания он стремился увидеть «духовный смысл». Так, в «Изящных изречениях», написанных на малых пророков и книгу Исайи, его главной задачей было показать, что «во всех книгах Моисея прообразовано таинство Христа».
После Эфесского собора им написаны «Слово против нежелающих исповедовать Святую Деву Богородицу», диалог «Что един Христос» и «Схолии о воплощении Единородного».
В своем богословии Кирилл целиком опирается на Св. Писание и учение Отцов Церкви. В остальном он постоянно подчеркивает необходимость апофатического подхода и недостаточность человеческого разума для постижения не только божественной Сущности, но и актов Его воли. Лишь через внимательное изучение творений Бога можно приблизиться к Нему и кое-что понять, однако следует постоянно помнить о несоизмеримости Творца и творения, о бездне, их разделяющей. Опытному знанию и логическим рассуждениям Кирилл предпочитает полученное интуитивным путем мистическое знание – гнозис. В трудах по триединству он следует никейцам, прежде всего Афанасию Великому и Григорию Богослову.
О домостроительстве Троицы, т. е. о проявлении ее действия в сотворенном ею мире св. Кирилл пишет: «Ее действие есть нечто общее, хотя оно свойственно каждой Ипостаси, так что по триединству действие относится к каждой из них. Итак, Отец действует, но через Сына в Духе. Сын также действует, но как Сила Отца, поскольку он от Него и в Нем. И Дух действует также, ибо он Дух Отца и Сына, Дух сильный».
Первые христологические опыты Кирилла связаны с его толкованиями на Евангелие от Иоанна. Вот два основных отрывка, на которых построено толкование: «Все через Него начало быть, и без Него ничто не начало быть, что начало быть. В Нем была жизнь, и жизнь была свет человеков. И свет вы тьме светит, и тьма не объяла его» (Ин 1:3–5) и «Как послал Меня живый Отец, и я живу Отцем, так и ядущий Меня жить будет Мною; сей-то есть хлеб, сошедший с небес; не так, как отцы наши ели манну и умерли: ядущий хлеб сей жить будет вовек» (Ин 6:58,59). Иисус не воспринял жизнь извне, Его рождение не имеет ничего общего с рождением человека обычного. Он – жизнь по Своей сути, Его творческая деятельность свободна, в ней нет подчиненности: «Сам будучи по природе Жизнью, Он многообразно дарит существам бытие, жизнь и движение. Не так, что посредством какого-либо разделения и изменения Он входит в каждое из различных по природе бытие, но сама тварь разнообразится неизреченною премудростью и силою Создателя».
Присутствие в творении Слова не убирает бездны, разделяющей Творца от творения. Здесь, по сути, подводится итог богословских споров предшественников Кирилла.
Вершиной богословской деятельности Кирилла стали его рассуждения о двух природах Христа и их взаимосвязи. Характер воплощения, согласно Кириллу, можно представить так: Слово есть Бог по сущности, а после воплощения природа человека в Иисусе соединилась с божественной «неслиянно и нераздельно». Пусть Сын Божий «принял зрак раба» и на земле общался с людьми, но «слава Его Божества неизменно наполняла небеса, и Он продолжал пребывать с Отцом». «Посему, – добавляет Кирилл, – хотя и говорит Евангелист, что стало Слово плотью, но не утверждает, что Оно было побеждено немощью плоти или Оно лишилось изначальной силы и славы, коль скоро облеклось немощным нашим и бесславным телом».