10 апреля 1887 года власти приказали вести уроки на русском языке в гимназиях, 23 мая 1889 года – в частных школах, а 17 апреля 1890 года – в школах для девочек. Когда все попытки по противодействию таким нововведениям никакого результата не дали, то лифляндское дворянство незамедлительно закрыло свои краевые гимназии. Его примеру последовало и дворянство Эстляндии.
Русификация разрушила в Прибалтике процветающую и высокоразвитую систему народного образования. Среди немецких гимназий, закрывших свои двери, оказалась и известная лифляндская дворянская гимназия-интернат Шульпфорта Биркенру, располагавшаяся недалеко от Вендена и восходившая корнями к учреждению, основанному в 1825 году выдающимся прибалтийским педагогом Альбертом Вольдемаром фон Холландером (1796–1868), голова которого отображена на групповом барельефе нидервальдского памятника. Холландер родился в семье члена городского совета Риги и, будучи учеником Фридриха Людвига Яна, продолжил его учебно-воспитательные традиции, придав им некоторые черты идеализма германского освободительного движения. Была закрыта также старейшая прибалтийская дворянская и соборная школа в Ревале.
Власти разрешили только одну школу с преподаванием на немецком языке, в которой учились дети, чьи родители, будучи членами сильной колонии имперских немцев в Риге, являлись подданными Германской империи. Это являлось видимым признаком того, что с точки зрения русского правительства общинный язык общения должен был определяться государственной принадлежностью того или иного человека.
Радикальные преобразования претерпел и Дорпатский университет, который 20 ноября 1889 года утратил свою автономию. В ходе проводимых преобразований на всех факультетах, за исключением богословского, шаг за шагом в качестве языка преподавания был введен русский язык. При этом первоначально отмечалась попытка ускорить этот процесс, когда профессорам в случае их согласия с таким подходом пообещали выплачивать особое вознаграждение.
Предводителем большинства профессоров, не одобрявших введение русского языка в качестве языка преподавания и готовых к сопротивлению, был урожденный в Митаве профессор русского права Иоганн Энгельман. Однако нашлись и такие, особенно из числа пропитанных идеей национального государства коллег из Германии, которые такой подход к делу не разделяли.
В 1893 году Дорпат был переименован в Юрьев, а университет соответственно – в Юрьевский университет, и всего за десять лет – с 1890 по 1900 год – количество русских студентов возросло в нем приблизительно со 100 до 1000. Причем это происходило в основном за счет допущения к поступлению в университет выпускников православных духовных семинарий, которые вследствие их неудовлетворительной подготовки не могли быть зачислены в другие русские университеты, за исключением Томского. В частности, в октябре 1901 года в Дорпатском университете из общего числа 1731 студента таких насчитывалось 900, тогда как на уроженцев остзейских провинций приходилось всего 395.
А вот основанный представителями прибалтийских сословий и поддерживаемый ими рижский Политехникум свою автономию сохранил. Однако в 1892 году он тоже был вынужден перейти на русский язык в качестве языка преподавания.
На одной аудиенции в мае 1889 года, которую император дал князю Шаховскому, Александр III заявил о своей надежде, что в течение ближайших трех лет между прибалтийскими и остальными русскими губерниями никаких различий больше не останется. Однако это ожидание ни в коей мере не осуществилось, в чем огромную роль сыграло то обстоятельство, что провозглашенная царем во время этой аудиенции на следующий год земская реформа по не выясненным до конца причинам не состоялась. Похоже, что такое произошло по соображениям государственной безопасности, поскольку военное министерство поставило под сомнение целесообразность полного изменения существовавшего тогда положения дел.
В результате вместе с сохранением органов дворянского самоуправления остались и важнейшие зародышевые клетки для развития всегда лояльного и по большей части осторожного сопротивления, которое оказывали не только отдельные частные лица. Немецкие сословия упорно продолжали внедрять в сознание людей чувство ответственности за защиту всего края и необходимости сохранения родного языка прибалтийских народностей. Подобные мысли хорошо просматриваются в основных положениях доклада лифляндского председателя Законодательного собрания, сделанного им в 1887 году. «Во всех конфликтных случаях, когда речь идет о выборе между имперским языком и языком латышского и эстонского народов, следует отдавать предпочтение обоим негерманским национальным языкам», – подчеркнул он.