После Аввакума принялись за попа Никиту и его челобитную. Он также упорно стоял на своих обличениях, не слушал никаких увещаний и осыпал бранью отцов собора. Его также расстригли, отлучили от церкви и заключили в угрешскую темницу. Но темничных страданий он не выдержал и вскоре написал покаянные челобитные государю и собору, отказывался от своих обличений, каялся и молил о прощении пред лицом собора в Крестовой палате. А затем, по соборному указу, принес публичное покаяние на Красной площади, на Лобном месте, перед всем народом. Собор, однако, не вдруг дал ему прощение и разрешение, а только по прибытии двух восточных патриархов. Почти та же история повторилась с дьяконом Федором. Он также упорствовал, был расстрижен и предан анафеме. Когда его вывели из Успенского собора, то он поднял вверх два сложенных перста и кричал народу: «Стражду и умираю, братия, за сию истину». Его заключили в том же Угрешском монастыре. Но отсюда он вскоре послал покаянное письмо с мольбой о прощении и был освобожден из заключения вместе с Никитой. Их раскаяние, однако, было притворное, и оба они потом воротились к своему учению. После них представленные пред лицо собора раскольничьи старцы, Ефрем Потемкин, Сергей Салтыков, Серапион, известный Неронов, Феоктист, Антоний, Авраамий и некоторые другие, не оказали большого сопротивления, принесли свое покаяние и получили прощение. Только соловецкий инок Епифаний и поп Лазарь, доставленные на собор из Пустозерска, остались непреклонными и нераскаянными, подобно протопопу Аввакуму. Приговор им состоялся в следующем, 1667 году, с участием восточных патриархов; их отлучили от церкви и передали суду светскому, который осудил их на вырезание языка и ссылку в Пустозерский острог. Туда же был сослан ученик Лазаря поддьяк Федор; но последний потом раскаялся и был прощен.
Одновременно с соборным судом над Лазарем вновь принялись за Аввакума и неоднократно привозили его в Москву. Очевидно, Алексей Михайлович все еще жалел его и питал надежду сломить упорство этого уважаемого им неукротимого человека. От имени царя и восточных патриархов к нему не раз приходили разные лица и уговаривали покориться собору. В числе этих лиц встречаем Неронова, чудовского архимандрита Иоакима (будущего патриарха) и рязанского архиепископа Илариона. А из мирских людей приходили от царя приближенные его Артамон Матвеев и дьяк Дементий Башмаков. Но никто не мог поколебать Аввакума. Вслед за Лазареем и Епифанием его сослали в тот же Пустозерский острог. Туда же потом отправлен и дьякон Федор, которому, так же как попу Лазарю и иноку Епифанию, предварительно вырезали язык.
Не так легко и скоро решилось дело с монастырем Соловецким.