Настоятель сего монастыря архимандрит Варфоломей был вызван в Москву, чтобы принять участие в церковном соборе. Тут, когда узнали, что в его монастыре продолжают служить по старым неисправленным книгам и что братия поручила ему подать челобитную об оставлении ей старины, архимандрита подвергли допросу. Он сознался в том, что безуспешно пытался ввести новые книги и «наречное пение» и только навлек на себя укоризны со стороны монастырских старцев. Мало того, на собор была прислана от некоторых старцев челобитная, которая обвиняла Варфоломея в пьянстве, любостяжании и вообще дурном поведении и просила дать ей иного настоятеля. В отпор им пришла другая челобитная, написанная от лица келаря и остальной братии; они жаловались на помянутых старцев и на сосланных под начало несколько десятков духовных и светских лиц, которые затевали в монастыре мятежи и бесчинствовали. Для расследования соловецких непорядков и челобитных собор отправил туда комиссию из нескольких духовных особ с ярославско-спасским архимандритом Сергием во главе, в сопровождении небольшого стрелецкого отряда. Но комиссия была там принята самым неприязненным образом. Когда она стала читать в храме царский указ и соборную грамоту, братия подняла шум и крик и решительно объявила себя против троеперстия, трегубой аллилуии и новоисправленных книг. Более всех кричал бывший архимандрит любимого царем Саввы-Сторожев-ского монастыря Никанор, добровольно удалившийся на покой в Соловецкую обитель. Тщетно архимандрит Сергий и его товарищи несколько раз принимались убеждать братию и доказывать неправильность раскольничьего учения; так они и уехали назад, ничего не добившись. А братия вслед за ними послала государю новые челобитные об оставлении в Соловецком монастыре старых книг и устава свв. Зосимы, Савватия и Германа. В Москве решили отставить Варфоломея и на его место назначить архимандритом в Соловецкий монастырь Иосифа. Но когда последний прибыл туда, братия прежде всего спросила его, как он будет служить: по старым или по новым книгам. Иосиф вместо ответа прочел ей в церкви царский указ. Тогда его не допустили отправлять настоятельскую должность и вскоре выслали из монастыря; к царю же снова послали челобитную с просьбой оставить их при старых порядках. После того (в декабре 1667 г.) царь указал отобрать соловецкие вотчины и земли в казну и прекратить подвоз хлебных припасов монастырю. А большой Московский собор изрек анафему на непослушных монахов и послал о том грамоту, призывая братию к послушанию. Но так как мятежники взяли верх в монастыре и продолжали стоять на своем, то в следующем, 1668 году пришлось-таки отправить против них стрелецкий отряд под начальством стряпчего Игнатия Волохова. Монахи со многими находившимися у них в ссылке и на богомолье мирянами вооружились и сели в осаду.
Собор 1666 года, занимавшийся по преимуществу делами о расколоучителях, по окончании суда над ними издал особое «Наставление благочиния церковного». Этим наставлением отцы собора подтвердили почти все сделанное Никоном относительно исправления книг и обрядов, в том числе троеперстие, тройную аллилуйю, четвероконечный крест на просфорах и прочее. Но они не изрекли никакого проклятия на старопечатные книги, двуперстие и прочее. В свою очередь, большой собор 1667 года, происходивший с участием восточных патриархов и занимавшийся преимущественно судом над Никоном, издал так называемое «Изречение», в котором еще более подробно изложил и подтвердил статьи означенного «Наставления», но прибавил от себя проклятие тем, которые не захотят покориться сему соборному определению; а кто из них потом обратится с покаянием, тот может быть снова принят в лоно православной церкви.