Покорение Восточной Сибири, как мы видели, при Михаиле Федоровиче не только было начато, но и доведено до Охотского моря. При Алексее Михайловиче оно было здесь окончательно утверждено и распространено почти до берегов Тихого океана.
Край этот находился в ведении якутского воеводы. В 1646 году воевода Василий Пушкин с товарищи послал служилого десятника Семена Шелковника с отрядом в 40 человек на реку Охту для сбора ясака с туземных тунгусов и для «прииску новых землиц». Шелковник поставил острог на этой реке близ ее впадения в море и начал собирать дань собольими и лисьими мехами с соседних туземных родов; причем брал в заложники, или аманаты, кого-либо из сыновей их старшин или так называемых «князцов». Но вопреки царскому указу приводить туземцев в подданство «ласкою и приветом» служилые люди нередко раздражали их своей грубостью и насилиями. Да и вообще туземцы, разумеется, неохотно подчинялись русскому игу. Поэтому князцы со своими родами иногда поднимали бунт, перехватывали и побивали небольшие партии русских служилых людей и промышленников и подступали к русским острожкам. Так, в 1650 году якутский воевода Дмитрий Францбеков, получив весть об осаде Охотского острога возмутившимися туземцами, на выручку и на смену Шелковника послал Семена Епишева с отрядом около 30 человек. С большим трудом добрался он до Охотска и тут выдержал несколько боев с тунгусами, которые были вооружены стрелами и копьями, одеты в железные и костяные куяки и шишаки. Огнестрельное оружие, как всегда, помогло русским одолеть гораздо более многочисленных неприятелей (по донесениям Енишева, число их будто простиралось до 1000 и более). Острожек был освобожден от осады, а вместе с тем спасена накопившаяся там ясачная казна. Шелковника Енишев не застал в живых; от его товарищей осталось только 20 человек. Получив потом новые подкрепления, он ходил на окрестные земли, облагал данью племена и роды, дотоле не ясачные, и брал от них аманатов.
Не одну борьбу с туземцами и суровой природой приходилось вести начальникам русских партий. Одновременно они должны были усмирять частые ссоры и неповиновения своих же служилых людей, которые на далеком Востоке отличались особенно грубыми нравами и своеволием. Енишев посылает воеводе жалобы на неповиновение своих подчиненных. А года четыре спустя мы находим его уже в другом острожке, на реке Улье, куда он ушел с остатком своих людей после того, как Охотский острожек был сожжен туземцами и аманаты оттуда разбежались. Из Якутска воевода Михаил Лодыженский отправил в ту сторону на реки Ламу, Улью и Охту сына боярского Андрея Булыгина со значительным отрядом. Булыгин забрал с собой из Ульи пятидесятника Оноховского с тремя десятками служилых людей, на месте старого построил новый Охотский острожек (1665 г.), разгромил бунтовавшие тунгусские роды, вновь привел их в подданство государю и наложил дань на более отдаленные неясачные.