Рядом с делами собственно гражданскими правительству Федора Алексеевича немало причиняли забот и дела церковные, особенно успехи раскола. Еще и двадцати лет не прошло от его начала, а он уже распространился на отдаленные окраины государства, каковы в особенности донское казачество, Северное Поморье и Сибирь. На Дон уходили некоторые попы и чернецы, устраивали там, в глухих местах, приюты или пустыни, где служили по старым книгам и перед старыми иконами и смущали окрестных жителей хулою на новые иконы и новоисправленные книги. В Поморском краю было сильно влияние Соловецкого монастыря; после его погрома уцелевшие иноки рассеялись по всему краю и, как потерпевшие за правую веру, находили особое сочувствие среди населения. Сибирь, или собственно Тобольская область, манила расколоучителей своими удобствами скрываться от правительственного надзора в глухих, пустынных местах. Они строили там часовни, около них кельи; совершали церковные службы, за которыми не поминали царя, патриарха и своего местного митрополита; троеперстие проклинали, а четырехконечный крест на просфорах называли латинским крыжем, антихристовой печатью. Их проповеди и рассказы о чудных видениях привлекали многих людей в эти пустыни, где они и постригались. Тобольский воевода боярин Петр Васильевич Шереметев начал посылать ратных людей, чтобы захватывать расколоучителей с их последователями и предавать их гражданскому суду со всеми его суровостями. Но такие грубые меры возбуждали фанатизм среди раскольников и желание пострадать за правую веру: они сжигались еще до прихода ратных людей или запирались в каком-либо дворе, натаскивали туда пеньки, смолы, бересты и угрозою поджечь все это удерживали сыщиков от насилия. Случалось, что из такого добровольного заключения раскольники посылали на царское имя челобитные, в которых жаловались на притеснения от приказных и служилых людей; уверяли, что их напрасно называют еретиками и раскольниками, что они держатся старого благочестия, утвержденного апостолами, семью вселенскими и девятью поместными соборами. Ссылались при сем на подходящие изречения Святого Писания и Отцов Церкви, например: «аще и ангел с небеси благовестит вам иначе, анафема да будет» или «аще кто пребудет в правде, утвержденной вселенскими соборами, спасен будет, а кто отступит, погибнет вовеки» и тому подобное.