Около пятнадцати лет продолжался этот пустозерский период в истории раскольничьей проповеди и литературы. Сначала узники хранили согласие или, точнее, послушание Аввакуму. Но скоро между ними возникли споры по поводу некоторых труднейших догматических или вероисповедных учений, а именно: о Святой Троице, о воплощении Бога Слова, о сошествии Святого Духа на апостолов, о сошествии Христа в ад, об ангелах, о душе и так далее. Повод к тому подал Аввакум, который в толкованиях на тексты священных книг слишком увлекался образностью своих представлений и выражений и впадал в ошибки. Более его сведущий в догмах и более точный в выражениях, Федор вздумал поправлять протопопа; а последний оскорблялся таким неуважением к своему авторитету со стороны духовного сына и отвечал ему не только с обычной резкостью, но и с проклятиями. Например, Аввакум в одном послании пытается толковать о
Эти внутренние распри среди расколоучителей были прекращены внешней силой. За Московским собором 1681 года последовали жестокие меры против раскольников. В ту же эпоху подверглись казни и пустозерские узники. Не имеем подробных известий об их трагической судьбе. Знаем только, что в конце царствования Федора II они были всенародно сожжены в срубе на Страстной неделе.
В числе деяний помянутого собора 1681 года замечательно еще постановление о нищих. Государь предложил отделить немощных и больных, для которых архиереи по городам устроили бы особые богадельни и больницы, а для ленивых учредить рабочие дома. Собор утвердил его предложение. В Москве потом указано было царем соорудить больницу на Гранатном дворе у Никитских ворот и богадельню в Знаменском монастыре; но тех нищих, которые намеренно себя уродуют для возбуждения сострадания, велено строго наказывать и осуждать на работы.
Об усердии Федора Алексеевича к православной церкви свидетельствуют и некоторые его указы относительно инородцев. Так, служилые татарские мурзы, испомещенные в восточных областях, до того зазнались, что стали принуждать к принятию мусульманства своих крестьян, обременяя их налогами и работами. В мае 1681 года царь указал отобрать у них поместья и вотчины, населенные православными крестьянами, а взамен им пообещал поместья, населенные темниковской и кадомской мордвой; но если они примут православие, то прежние поместья за ними оставить; а равно и языческой мордве велено объявить, что та, которая крестится, получит шестилетнюю льготу от всех податей. Меры эти, однако, мало воздействовали на упорных магометан. А потому в следующем, 1682 году в Курмышском уезде велено было объявить сроком 25 февраля некрещеных татарских мурз и вообще татарских помещиков: если к сему сроку они не примут крещения, то поместья и вотчины у них будут отобраны и отданы тем, которые успеют принять православие. В то же время инородцев Восточной Сибири, каковы буряты, тунгусы и мунгалы, правительство старалось привлечь к христианству раздачей новокрещеным государева жалованья по 3 рубля и по сукну, но, по-видимому, результаты этих мер были не очень значительны.