Православными Угорской Руси церковная уния была принята позже, чем в Речи Посполитой: в апреле 1646 г. собрание клира Мукачевской православной епархии объявило на соборе в Ужгороде о присоединении к унии по примеру и на условиях Брестской церковной унии 1596 г. Однако влиятельный в регионе магнат-протестант князь Дьердь Ракоци арестовал мукачевского епископа Василия Тарасовича и активно выступил в защиту православия. Унии не признал также и православный епископ Ионникий. Вместе с тем другой магнатский владетельный род Другетов, будучи католическим, поддержал насаждение унии. Этому роду принадлежал Ужгород, который был превращен в цитадель иезуитов и базу униатского движения в Закарпатье. Борьба привела к тому, что в 1664 г. церковная уния была еще раз провозглашена в Мукачеве.
Центром православия в регионе стал район Марамуреш на юго-востоке Закарпатья, который присоединился к унии лишь в 1713 г. Падение православия в крае определило поражение восстания 1711 г. под руководством Ф. Ракоци. Лишь при поддержке молдавских и сербских епископов православие в отдельных горных районах края некоторое время удерживало свои позиции. Известен пример церковного полемиста Михаила Андрелли, который вернулся из унии в православие и призывал к тому же земляков. Лишь в 1721 г. большинство православных священников края признало унию. В 1733 г. в Хусте мученической смерти был подвержен последний православный епископ Досифей Феодорович.
Усиление позиций униатской церкви в Галичине и Закарпатье в XVIII в.
В начале XVIII в. подавляющая масса населения Галичины и Закарпатья пребывала в унии, однако во времена Северной войны эта церковь вновь подверглась серьезным испытаниям. Известно, что Петр I отрицательно относился к униатам. Подобным же было отношение со стороны украинского православного населения Гетманщины и Правобережья. Например, российские войска, вступившие в 1768 г. на территорию Речи Посполитой, арестовывали или изгоняли униатское духовенство, а на Киевщине православным вернули 1200 храмов. Несмотря на то что впоследствии Россия участвовала в подавлении гайдамацкого движения, сохранялись стойкие симпатии к ней у православного населения Речи Посполитой. Вместе с тем развивался процесс постепенной полонизации верхушки униатской церкви, шло сближение ритуальной католической и униатской практики. Однако эти процессы почти не затронули сельское духовенство в горных районах Галичины и Закарпатья. Поэтому этот регион стал базой духовного обновления грекокатоличества во всей Западной Украине во второй половине XVIII — XIX в.
Особое значение в судьбе украинского населения Галичины и Закарпатья в XVIII в. приобрел альянс австрийской администрации и местного униатского населения. Ранее всего он обозначился в Закарпатье. С одной стороны, мукачевский епископ грек Иосиф де Камелис усилил гонения на православных, что могло привести к полной ликвидации православия в Закарпатье, но с другой — он отстаивал равенство в правах униатов и католиков. В ответ на ряд его обращений австрийское правительство специальным декретом 1706 г. уравняло в правах духовенство униатского и католического обрядов, хотя униатская церковь Закарпатья по-прежнему подчинялась католическому епископу г. Эгер (Венгрия).
С начала XVIII в. австрийское правительство стало проводить политику опоры на местное население. В середине XVIII в. в Мукачеве была основана униатская богословская школа, которую в 1776 г. перевели в Ужгород уже в качестве духовной семинарии. Характерно, что условием поступления в эту школу было знание украинского языка. Кроме того, буллой Папы Климента XIV в 1771 г. закарпатская униатская церковь получила автономное духовное управление. В 1775 г. центром закарпатской униатской епископии стал Ужгород.
Переломной в жизни униатской церкви Закарпатья стала вторая половина XVIII в. Известность получил мукачевский епископ Иван Брадач, который вел самоотверженную борьбу с латинизацией униатской церкви и за сохранение ее восточной обрядности. Его последователь мукачевский епископ Андрей Бачинский стал советником венского двора в делах Закарпатья и в 1771 г. зарекомендовал себя как доверенное лицо униатского духовенства края, добившись у австрийской императрицы Марии-Терезии освобождения униатов края из-под власти эгерского епископа, а также автокефалии. По его инициативе Мария-Терезия основала в Вене при храме Святой Варвары семинарию для закарпатского духовенства (Барбареум), а также Stadium Ruthenum (Русинский коллегиум) во Львове. В Ужгороде епископ основал большую библиотеку, много сил приложил для открытия грекокатолических русинских школ в регионе. По его инициативе в 1778 г. в Ужгороде была открыта первая грекокатолическая семинария. В итоге было возрождено и упрочено русинское самосознание, независимое положение местной церкви.