Делами православной церкви в Буковине ведал епископ в г. Радовцы (известен с 1472 г.). Однако в 1783 г. с включением области в состав австрийских владений, епископ Досифей Хераскул перенес (подчиняясь императорскому указу 1781 г.) резиденцию на север в г. Черновцы, где преобладало русинское (украинское) население. Возникла Буковинская епархия. Держа под контролем религиозную жизнь своих подданных, Габсбурги в 1781 г. добились независимости православных Буковины от вмешательства в их дела молдавского митрополита. Более того, император Иосиф II издал в апреле 1781 «патент» (указ) о подчинении всех приходов, церквей и монастырей в крае епископу Досифею Хераскулу, впервые названному «епископом Буковины». В 1783 г. Буковинская (Черновицкая) епархия была подчинена митрополии Сербской православной церкви в Карловицах Сремских. Удаленная сербская митрополия не могла влиять на дела в Буковине, чем пользовалась австрийская администрация для усиления своего контроля над духовной жизнью жителей области.
В дальнейшем Вена всячески поддерживала православие в Буковине, что позволяло ей находить опору у местного населения против господствующей, но оппозиционно настроенной к имперскому центру польской знати «Королевства Галиции и Лодомерии».
В 1783—1787 гг. была проведена секуляризация церковных земель Буковины. Из них был создан специальный религиозный фонд для поддержания потребностей церквей, духовенства и школ. Ряд монастырей закрыли, в том числе Манявский скит (называется еще Афоном Прикарпатья) — твердыню православия в Галичине, сыгравшую в XVII—XVIII вв. большую роль в противостоянии унии. Подобным жестким образом осуществлялась политика австрийского правительства в отношении униатской церкви на западноукраинских землях.
Религиозно-духовная жизнь в Галичине в XVII-XVIII вв.
С 1676 г., после смерти киевского митрополита И. Нелюбовича-Тукальского, украинские православные епархии перешли под контроль московского патриарха. По условиям «вечного мира» 1686 г. Россия получила возможность защищать интересы православных в Речи Посполитой и оказывать им необходимую поддержку. В условиях длительного исторического противостояния Речи Посполитой и России и очень слабых традиций религиозной толерантности для польских властей вопрос о схизматиках (от греч. schizmatikos — раскольник) имел острое политическое звучание. Ситуацию подогревали давние колонизационные амбиции Польши, которая в идеале стремилась к поглощению и ассимиляции «восточных земель». В 1676 г. польское правительство запретило выезд православных украинцев за границу, чем устранялась возможность поставления новых иерархов православной церкви в стране. Развернулись обширные гонения на православную церковь, что особенно сильно сказалось в Галичине, где сохранила свои мощные позиции польская знать. Ограничивались права православных братств. Например, в 1699 г. сейм запретил православным занимать выборные городские должности.
До середины XVIII в. правительство Речи Посполитой уделяло огромное внимание расширению церковной унии в среде православного населения государства, исходя из политической мотивации: стремясь к унификации и укреплению лояльности «русской» части населения по отношению к доминирующему польско-католическому центру страны. Во многом благодаря протекции королей Михаила Вишневецкого и затем Яна III Собеского униатская церковь укрепила свои позиции. Так, ей было возвращено имущество, переданное православным по условиям Зборовского договора 1649 г. Большую роль сыграл переход в 1677 г. в унию православного львовского епископа Иосифа Шумлянского, который активно вел поиск сторонников унии среди православного клира.
В 1680 г. в Люблине король собрал православных и униатов и требовал от них компромисса в духовных делах, но острые противоречия не обозначили даже пути к их примирению. Горячо откликнулся на королевский призыв перемышльский епископ Иннокентий Винницкий. Он не только тайно перешел в униатство, но на сейме в Варшаве в 1691 г. открыто объявил о присоединении Перемышльской епархии к унии.
К 1703 г. уния была провозглашена во всех православных епархиях на украинской территории Речи Посполитой. Цитадель православного движения в Украине — Львовское Успенское ставропигиальное братство — попробовало сопротивляться, но И. Шумлянский во главе польской хоругви (отряда) захватил Успенский собор братства и отслужил здесь униатский молебен. Затем в 1704 г. на братство была возложена большая часть контрибуции для осаждавших город шведов. Основанная И. Шумлянским типография была призвана подорвать книгоиздательскую деятельность братства. Материальные трудности вынудили братчиков в 1708 г. принять унию, но они не прекратили борьбу. После раздела Речи Посполитой австрийская администрация в 1788 г. преобразовала братство в Ставропигийский институт, который до середины XIX в. был единственным культурно-образовательным православным учреждением Галичины.