Летописец особо отмечает: «и московских бояр, и всяких чинов людей, которые сидели в Москве в осаде с литовскими людьми и которые были в Литве, у Короля и в Тушине, и в Калуге при… лживом Дмитрии и тех государь всех для своего царского венца пожаловал наипаче свыше первого по их достоинству честью и пожитком. И совокупись вся земля русская ему государю служити». Неудивительно, что сидевший в Кремле вместе с поляками царь первым делом отодвинул от власти проложивших ему путь к трону деятелей Первого и Второго Ополчения – своих убеждённых противников и приверженцев Карла-Филиппа (Пожарского, Минина, Трубецкого и др.) и возвысил «тушинцев» и «литовцев». Приход Михаила Романова на трон означал консервативную реакцию, стагнацию, возвращение к прежним порядкам – насколько к ним вообще можно было вернуться в ситуации краха Московского государства (с неизбежным вкраплением «земских» тенденций в управление). По словам В.Б. Кобрина: «Должно быть, после стольких упущенных возможностей консервативная реакция была неизбежна».
Однако (вопреки утверждениям монархически настроенных историков!) с избранием нового царя Смута ещё отнюдь на была окончена. Продолжалась война со Швецией и Речью Посполитой (считавшими себя обманутыми в ожиданиях московского трона). По стране бродили не подконтрольные никому казачьи отряды, в Астрахани укрепилась Марина Мнишек со своим сыном-младенцем и атаманом Заруцким, казна была совершенно пуста, а войско требовало жалованья и занималось мародёрством.
Летом 1614 года Заруцкий с Мариной и её сыном, оставив Астрахань при приближении правительственных войск, бежали на реку Яик и были там схвачены и доставлены в Москву. По воле царя атамана Ивана Заруцкого посадили на кол. Марина Мнишек – жена Лжедмитрия Первого, затем – Второго, затем – Заруцкого, умерла в темнице. Несчастного четырёхлетнего ребёнка – Ивана-«ворёнка» по воле юного государя публично повесили у Серпуховских ворот. В конце 1614 года было подавлено большое восстание казаков во главе с атаманом Иваном Баловнем, его вожди казнены. Раскаты первой гражданской войны в России понемногу затихали.
В 1614 году русская армия была наголову разбита под Бронницами шведами Делагарди и оставила Старую Руссу. В 1614–1615 годах новгородцы и шведы во главе с самим великим королём-воителем, будущим легендарным героем Тридцатилетней войны, Густавом-Адольфом, пытались взять Псков, но безуспешно. 27 февраля 1617 года в Столбове был заключён мир Московии со Швецией. Москве возвращались Новгород, Ладога, Старая Русса и ряд других городов и земель; Швеции же отошли Карелия, Ижорская земля, Копорье, Орешек, Ивангород. Кроме того обнищавшая Московия выплачивала шведам огромную контрибуцию в 20 тысяч серебряных рублей. При этом шведский король признавал Михаила Романова-Юрьева русским царём.
Куда сложнее дело обстояло с Речью Посполитой, которая резонно рассматривала договор 1610 года как обоснование легитимности притязаний королевича Владислава на московский престол, удерживала в плену царского отца (всемогущего патриарха Филарета) и не считала Михаила Романова царём. Правда, у короля, как обычно, не было средств и войск для ведения полномасштабной войны. В 1617–1618 году королевич Владислав (получив поддержу и финансовую помощь от сейма) вместе с литовским гетманом Ходкевичем и запорожским гетманом Сагайдачным-Канашевичем, подступил к Москве. В Московии были введены чрезвычайные военные налоги: «пятая деньга» на войну – с согласия Земского Собора. Войско Владислава было отбито, после чего в декабре 1618 года под Троицким монастырём в селе Деулино было заключено перемирие на 14,5 лет между Московией и Речью Посполитой.
По Деулинскому перемирию к Речи Посполитой вновь отошли Смоленск, Чернигов, Новгород-Северский и многие другие города и земли. Королевич Владислав продолжал не признавать Михаила царём и считал себя единственным законным московским государем. Произошёл обмен московскими и литовскими пленными. Захваченные в Кремле в 1612 году и не перебитые (как большинство их товарищей) поляки, литовцы и немцы возвращались на родину, а в Москву в 1619 году из плена вернулся властолюбивый глава клана Романовых-Юрьевых, отец Михаила, патриарх Филарет, немедленно принявший бразды фактического правления из рук своей жены, инокини Марфы.
С 1613 по 1622 года Земский Собор заседал в Москве непрерывно, решая все главные вопросы. (А всего Земские Соборы созывались более десяти раз за время царствования Михаила Фёдоровича). В этом выражался компромиссный и консервативный курс нового царствования – на восстановление «старины» с оглядкой на «земство». В состав Земского Собора входили члены Боярской Думы, высшего духовенства (Освященного Собора), выборные представители от дворян, казаков и купцов. Не имея ни людей, ни денег, ни авторитета в обществе, правительство черпало всё это в санкции Земского Собора.