Особое место в Московии Ивана III занимало боярство, существенно меняющееся в это время по своему составу, происхождению и функциям. К началу XVI века «боярин» – это уже не обязательно аристократ-вотчинник, но – член Боярской Думы, чин, который жалует великий государь. Те бояре, которые постоянно находились при особе государя, именовались «государевым Двором». Московские бояре из вотчинников-аристократов, владеющих своими сёлами и землями, понемногу превращаются в «холопов» великого князя – верховного собственника всей земли, а значит, всецело зависят от его милостей и пожалований. По мере того, как удельные князья становилась служилыми князьями, теряя свои вотчины по воле государя Москвы и отправляясь на службу, «куда пошлёт князь великий», складывается корпорация высшего боярства – и Великий князь теперь строит с ним отношения не на индивидуальной, но на корпоративно-групповой основе. В XV веке вновь приехавшие в Москву князья: Гедиминовичи, Рюриковичи, Чингисиды вытеснили старую московскую знать с её позиций и составили большинство в Боярской думе. Отношение московского государя к подданным (включая и бояр) строилось отныне не на договоре, не на традициях, не на «старине», но на их безусловном подчинении его всевластию.
Формируясь из бывших удельных князей и вельмож, боярство в конце XV – начале XVI века всё же отчасти сохранило аристократический дух и, в то же время, подверглось систематическому ущемлению и ограничению своих прав (права совета – участвовать в принятии князем решений, и права отъезда к другому князю) со стороны Великого князья, смотрящего на бояр, как на своих слуг. Если Дмитрий Донской в своей духовной грамоте завещал детям: «бояр своих любите, честь им достойную воздавайте по их службе, без воли их ничего не делайте», то уже Иван III смотрел на бояр, как на собственных «холопов» (в то время как многие из бояр всё ещё воспринимали князя, как первого среди равных). По мнению бояр, московский государь, управляя всей Русью, должен был опираться на них – тех, чьи предки некогда владели частями этой земли. Это неизбежно вело к конфликтам, придворным интригам, опалам и казням. Великий князь всё более был склонен опираться на своих дворян и на незнатных чиновников-дьяков, из которых формировался административный аппарат управления. В.О. Ключевский отмечал: «Теперь, когда потомки прежних владетельных князей собрались в Москве, их прежняя власть, унаследованная от отцов, из одиночной, личной и местной превратилась в собирательную, сословную и всеземскую».
Это, разумеется, не могло нравиться московскому правителю. Он постоянно ограничивал «право совета» бояр (решая всё единолично) и «право отъезда». Как отмечает С.Г. Пушкарёв: «Право отъезда бояр и вольных слуг могло существовать только до тех пор, пока Русь была политически раздроблена; с конца XV в., когда уделы были уничтожены и крупные областные княжества присоединены к Москве, «отъехать» практически было некуда, кроме Литвы, но такой отъезд рассматривался уже как измена и побег и вёл к конфискации имений бежавшего. Таким образом, с конца XV в. все бояре и слуги московских государей становятся уже фактически слугами «невольными», т. е. они обязаны служить московскому государю и никому иному». Иван III, объявляя себя повелителем всей Руси и отождествив своё самодержавие с интересами православной веры, одновременно объявлял всех бояр, покидавших его, «изменниками» (даже если они ехали в Литовскую Русь, имевшую не меньше оснований, чем Московия, считаться русским государством).