До середины XV века между московским князем и боярами заключались договоры, по которым боярин должен был «служить» князю, а князь – «кормить» его, и каждый боярин имел право на отъезд и участие в совете князя. Таким образом, в это время, по С.Ф. Платонову, «московские князья и бояре составляли одну дружную политическую силу». Но при Иване III ситуация радикально изменяется: усиливается приезд бояр к московскому князю (из Литвы, Орды, других русских земель, захваченных москвичами). Складывается порядок местничества, определявший (на основе прецедентов) отношения между боярскими родами и порождавший постоянные споры. Теперь Боярская Дума становится постоянным органом с фиксированным членством. При этом вчерашние удельные, а ныне служебные князья не переставали помнить о том, что они – Рюриковичи, Чингисиды, Гедиминовичи, лишь злой волею судьбы поставленные ниже московского правителя. С.Ф. Платонов отмечал: «Помня своё происхождение, зная, что они потомки прежних правителей Русской земли, они смотрят на себя и теперь, как на хозяев Русской земли, с той только разницей, что предки их правили Русской землёй по одиночке, по частям, а они, собравшись в одном месте, около московского князя, должны править все вместе всей землей. Основываясь на этом представлении, они склонны требовать участия в управлении страной, требуют, чтобы князья московские советовались с ними о всех делах». Московские же князья последовательно ограничивали все права своих бояр, сурово расправляясь с непокорными.
Для управления Московией Ивану III нужны были и новые законы, и аппарат управления. В 1497 году Иван III издаёт Судебник – общерусский свод законов, унифицирующий правовые нормы и упорядочивающий процесс судопроизводства. Московское право становилось теперь общерусским правом. В Судебнике рассматривались вопросы организации судебной и административной системы в центре и на местах, социальные отношения (в частности, возможность ухода крестьян от помещиков лишь в Юрьев день). По Судебнику почти все уголовные преступления карались смертью (тогда как «Русская Правда» Киевской Руси вообще не знала такой меры наказания), а за мелкие кражи полагалось битье кнутом. Допускались и пытки в ходе следствия и кулачные поединки («поле») истцов с ответчиками. В общем, Судебник 1497 года ярко отразил общую чудовищную деградацию общества Монгольской Руси в сравнении с Русью Домонгольской – в сторону огромного роста несвободы, жестокости и государственного насилия над человеком.
Централизованное государство и самодержавная власть, объединяя завоёванную ими страну (через захват и подчинение) и методически разрушая все существующие горизонтальные общественные связи и структуры, взамен нуждалось в разветвлённом бюрократическом аппарате управления, пронизывающем общество сверху донизу. И он, конечно же, вскоре появился. Система управления, сбора налогов и организации войска была позаимствована Московией у монголов (в свою очередь, некогда позаимствовавших всё это у Китая), а придворный этикет, религиозное обоснование и «национальная идея» – у византийцев.
На верхушке пирамиды власти находился сам московский великий князь, издающий законы, назначающий высших должностных лиц, ведущий суд и порой – всё реже и реже – командующий в важнейших военных походах. Князь советовался с Боярской Думой – постоянным совещательным органом, насчитывающим 15–20 человек, одновременно ставшим ядром сословной организации «благородной» части общества. Как подчёркивает историк Л.М. Ляшенко: «Власть царя постепенно становилась самодержавной, не терпящей противоречий и неподчинения. Боярская Дума, совещательный орган при великом князе, лишь внешне напоминала древнерусских советников-дружинников, поскольку не имела решающего голоса при обсуждении важнейших вопросов жизни государства… Так рушился ещё один возможный оплот ограничения великокняжеской власти: бывшие удельные владыки превращались из вассалов в подданных Москвы».
Следует отметить, что Иван III почти завершил дело ликвидации удельной системы, арестовывая своих братьев и отбирая их территории. По словам С.Ф. Платонова: «Дмитрий Донской дал старшему из пяти сыновей треть всего имущества, а Василий Тёмный – половину. Иван III уже не хотел довольствоваться избытком одних материальных средств и желал полного господства над братьями. При первой возможности он отнимал уделы у своих братьев и ограничивал их старые права. Он требовал от них повиновения себе, как государю от подданных… Словом, везде и во всём Иван проводил взгляд на великого князя, как на единодержавного и самодержавного монарха, которому одинаково подчинены как его служилые князья, так и простые слуги… Так, вместе с объединением Северной Руси совершалось превращение московского удельного князя в государя-самодержца всей Руси».