При Иване III начинают формироваться приказы – органы центральной исполнительной власти, управляемые дьяками – бюрократами, выходцами из незнатной среды. На смену временным поручениям, даваемым боярам, возникают постоянно действующие учреждения и присутственные места: казначейство, приказ Большого Дворца, Разрядный и Разбойный приказы. Усиливается влияние не родовитых, но грамотных чиновников-дьяков. Так было положено начало русской бюрократии, хотя общее число её представителей в эпоху Ивана III ещё не превышало 200 человек. Московия в административном отношении была поделена на уезды, станы и волости. Наместники территорий и «волостели» (мелкие местные начальники) присылались из Москвы и получали управление землями «в кормление» (состоявшее из части налогов и судебных пошлин) – в вознаграждение за их службу.
Главными ведомствами становятся Дворец и Казна. Дворец ведал великокняжескими землями и тяжбами о земельной собственности. Казна же была не только финансовым хранилищем, но и государственным архивом и внешнеполитическим ведомством. Дьяки вели делопроизводство и выполняли все технические функции.
К концу XV века в Московии сложилась система неограниченной единоличной власти великого князя. Повсеместно устанавливались отношения, подданства, выразившиеся в обращении бояр и князей к московскому правителю: «яз холоп твой». Князья Москвы, обладая безграничной властью, требовали безусловной покорности от своих подданных, воспринимали и крестьян, и бояр, и князей, как своих холопов. При этом в управлении страной московские владыки прежде всего делали ставку на насильственные военные методы, рассматривая Русь, как завоёванную территорию, ставшую их беззащитной добычей.
Драматично складываются в XV – начале XVI века и отношения между княжеской властью и церковью, постепенно утрачивающей свою независимость и взамен получающей покровительство со стороны московских государей и временное сохранение своих несметных богатств. Первым шагом на этом пути стали бурные события, случившиеся на Руси в княжение Василия II Тёмного и связанные с Флорентийской унией 1439 года – союзом восточного и западного христианства, заключённым между византийской православной церковью и римско-католической церковью. Уния была призвана помочь Константинополю выстоять в борьбе против натиска турок-османов (но не помогла: через 14 лет турки захватили великий город!) и ознаменовала долгожданное объединение христианского мира, причём православные сохраняли свои обряды и признавали главенство папы римского. Присутствовавший на объединительном великом Флорентийском церковном соборе глава русской церкви митрополит Исидор (грек, как и почти все предыдущие русские митрополиты) был горячим сторонником союза церквей, противником раскола христианского мира, и от имени русских христиан подписал унию. Однако ни московские церковные иерархи, ни князь Василий II не приняли этого.
Причины случившегося хорошо объясняют С.Т. Жуковский и И.Г. Жуковская: «Еретиками на Москве считали и католиков, и протестантов, и униатов… Даже недавние учителя в вопросах веры – греки – вызывали сильное подозрение в «нечистоте» православия (как, впрочем, и все остальные православные христиане, не являвшиеся подданными Москвы)… Вера в ту эпоху не связывала Русь с остальным христианским миром, а наоборот, отделяла от него. Чем дальше, тем больше православие воспринималось как религия одной нации, государства: его так и называли «русская вера». Само собой разумеется, что католиков и протестантов христианами не считали, всякое общение с ними, даже бытовое соприкосновение запрещалось (считалось, что православный русский человек осквернится даже тогда, когда сядет за один стол с армянином, хотя Армения восприняла христианство из той же Византии задолго до Руси)… «Истинность» и «чистота» христианской веры для большинства священнослужителей (даже высших) сводилась к точному исполнению обрядов, которым фактически придавалось значение магического ритуала». Считалось, что лучшим способом спасения души является пострижение в монахи (хотя бы перед смертью), а в миру – щедрые пожертвования на церковные нужды и неуклонное соблюдение всех обрядов. Неудивительно, что монастырские земли не дробились со временем (как у светских хозяев), а, будучи собственностью единого хозяина – церкви – концентрировались и накапливалисъ с течением лет.