Всё это вполне объясняет, почему в Москве не приняли ни Флорентийскую унию, ни воссоединения христианского мира, ни позицию греческого патриарха, ни даже собственного (но тоже греческого) митрополита Исидора. Ведь для русского православия, веками воспитывавшегося в духе ненависти к «латынству» и невежественного ощущения собственной исключительности, была характерна крайняя националистическая и ксенофобская нетерпимость и буквалистское, непросвещённое, ритуально-магическое, по сути, наивно-языческое понимание христианства («обрядоверие»). Прибыв в Москву в 1441 году с известием об объединении всех христиан, Исидор был немедленно арестован Василием II, желавшим подчеркнуть свою ортодоксальность и привлечь к себе церковных иерархов, чья поддержка нужна была ему в феодальной войне, сотрясавшей тогда Русь. Исидор был низложен и лишён сана митрополита (позднее он бежал за границу). Выступая против Флорентийской унии, Василий II сыграл роль рьяного защитника незыблемости православия, чем завоевал симпатии русских епископов, которые активно помогли ему в борьбе за власть с его своенравными кузенами – Василием Косым и Дмитрием Шемякой.
Церковные деятели Монгольской Руси охотно поддерживали укрепление власти московских князей и их противостояние многоконфессиональной и веротерпимой Литовской Руси, и обосновывали этот процесс, взамен получая абсолютный контроль за духовной жизнью населения и щедрые пожалования. После низложения Исидора, нового митрополита – бывшего рязанского епископа Иону – избрал в 1448 году уже собор русских церковных иерархов по указанию великого князя московского, а не по назначению константинопольского патриарха.
Это знаковое событие означало обретение русской церковью автокефалии (независимости) от Византии и, одновременно, попадание её в зависимость от воли московского правителя. О последствиях этих событий историк С.Ю. Шокарев пишет: «Отныне глава русской церкви более не присылался из Византии, а «избирался» на соборе русских владык или, точнее, назначался великим князем. В борьбе церкви и государства, которая началась ещё в последней трети XIV в., (
На Руси связывали между собой Флорентийскую церковную унию 1439 года и вскоре последовавшее падение Константинополя в 1453 году, считая, что гибель Византии – прямое следствие её отступления от истинной веры. В то же время в Литовской Руси, в Киеве появилась особая митрополия, принявшая униатство и объединение христианских церквей, причём её митрополиты по-прежнему назначались из Константинополя (что углубило религиозно-культурный раскол Руси на Московскую и Литовскую части).
Однако опредёленной автономией от власти князя московская церковь до конца XV века всё ещё обладала, изо всех сил отстаивая свое право на владение огромными земельными владениями и свирепо борясь с любыми ересями. Так, в 1479 году Иван III начал было учить митрополита Геронтия, как правильно исполнять религиозные ритуалы. Митрополит обиделся – и Ивану III пришлось уступить и извиниться.
По В.Д. Назарову, церковные иерархи XV – начала XVI веков «постепенно формировали и формулировали (в текстах и на практике) политическую доктрину Российского государства как полностью суверенного христианского православного царства». Теперь борьба с Ордой и её обломками была объявлена борьбой с «басурманством». И соответствующим образом начала переписываться и фальсифицироваться недавняя история, так что вчерашние верные слуги и союзники ханов – церковные митрополиты и московские князья – стали представляться героическими борцами с татарским гнётом. А противостояние Литовской Руси в её попытках освободить и объединить русские земли объявлялось священной борьбой с «латинством».