В третьей картине чётче обозначается замысел бояр. Хитрый, лукавый Василий Шуйский искусно плетёт нити заговора из недовольных бояр. К заговору примыкает и воевода Дмитрий Шуйский, участник недавней победы на Варяжском побережье. Не доволен и он, как и собравшиеся воеводы, бояре и князья, победой в Ливонской войне. Эти мысли выражает Сицкий, вовлекая в заговор и честного, преданного Ивану Михаила Воротынского: «Так ведай же о том, что не победы царской в Ливонии мы ждали, но конца владычеству Ивана. Избавленья мы ждали для себя и для всея Руси». Воротынский ужасается прямой измене, возмущён тем, что его вовлекают в заговор против царя, нет, если ему и суждено умереть на плахе, то «я буду рад тому, что не совместно с вами на смерть пойду!». Но всех перехитрил Василий Шуйский, обвинив собравшихся в измене, слуги всех связали, в том числе и Воротынского. Так развивается одна из важнейших сюжетных линий трагедии – борьба Ивана Грозного с боярской оппозицией за дальнейшее укрепление централизованного Русского государства.
В.А. Соловьёв тонко и глубоко мотивирует личную трагедию царя Ивана – стычку с сыном Иваном и его гибель от руки отца. Царевич Иван горяч и порывист, как и отец. А внушённая ему Шуйским мысль о том, что царь Иван стар и что царевичу пора больше участвовать в делах управления государством, не давала ему покоя и привела в конечном счёте к трагедии. Царь Иван увещевает сына, указывает ему на то, что Русь окружена врагами, что нужно единство всех сил и полк Мстиславского, с которым хочет пойти в Ливонию царевич, необходим здесь в Москве и под Москвой для охраны государства: «Баторий, словно тигр, ощерился на Русь… Швед – как шакал… А хан Гирей – как ворон!.. Все собрались!.. Все часа ждут!..» Царевич возражает отцу, уверяя, что ворог наш – один Баторий, а царь действительно «ослаб духом», раз «страшиться начал всех ворогов своих». Царевич готов погибнуть ради победы над врагом.
А кому престол оставит русский царь? Осуждает Иван IV горячность юности, не простят царевичу и поражения, «будущим царям игрушкою судьбы по доброй воле быть не должно!». А победы царевича тоже не приведут к добру, не верит царь в искренность помыслов своего родного сына, наследника престола, нашептали вороги ему, что царствовать он готов. «Не торопись, мой сын… Ещё ты млад годами. А мудрость с юностью не дружат никогда!»
Большую роль в развитии сюжета играет словесная дуэль Ивана Грозного с Чернецом, хитро подстроенная Василием Шуйским.
Чернец обвиняет царя в жестокости, от имени народа обвиняет в том, что царь сделал «из плахи себе престол», а скипетр стал топором. Чернец перечисляет убитых бояр и князей, а царь протягивает ему Синодик, куда «бережно вписал» все имена казнённых.
Царь умён, опытен в государственных делах управления, Чернец проигрывает словесную дуэль и признаётся в том, что он не понимает «государских дел», «своё пусть каждый ведает». Смешным выставляет царь Чернеца в глазах собравшихся бояр и дворян, он взялся судить о том, что не постигнул «мыслью». Полную победу над боярами торжествует Иван IV, предлагая собравшимся поклониться Чернецу земным поклоном, вот о таком несведущем царе мечтают втайне бояре. И он жёстко рассказывает о том, что случилось бы в России, если б не было твёрдого царя? «Вот то-то было б вам раздолье!.. По всей Руси стоял бы дым столбом!» «Великий государь! Уволь меня, довольно! Пусти меня… Мне тяжек твой венец!» – сознаётся Чернец, поверженный доводами царя, он убедился, насколько тяжким оказывается венец царский.