После изгнания Птолемея в 58 г. до н. э. его дочь Береника IV стала правительницей сначала вместе со своей сестрой Клеопатрой-старшей VI в качестве соправительницы, а после ее смерти вышла замуж за Митридата Понтийского, что лишь побудило Рим к более решительным действиям. После своего возвращения Авлет приказал убить Беренику, но его усилия по сбору денег для Габиния и других римских кредиторов в целом оказались безуспешными. Подданные сильно недолюбливали его, но испытывали еще большую ненависть по отношению к римлянам, стоявшим за его спиной и почти не скрывавшим своих алчных намерений. В Александрии особенно часто происходили народные волнения и нападения на римлян. В 51 г. до н. э. Авлет умер, разделив трон между своей третьей дочерью, семнадцатилетней Клеопатрой VII, и старшим сыном, десятилетним Птолемеем XIII. Он уже отправил в Рим копию своего завещания и тем самым официально признал право римлян вмешиваться в дела Египетского царства. Брат и сестра вскоре поженились по заведенному обычаю. Несмотря на молодые годы, Клеопатра уже обладала волевым характером, и в указах, выпущенных в начале ее царствования, нет упоминания о Птолемее. Мальчик был слишком юн, чтобы отстаивать свои права, но его министры и советники во главе с евнухом Потином и полководцем Ахилласом (Ахиллой) заняли враждебную позицию по отношению к его старшей сестре. В течение некоторого времени Александрию сотрясали междоусобицы. К нескольким неурожайным годам добавилось недовольство широких масс населения; в 48 г. до н. э. уровень воды в Ниле упал до рекордно низкой отметки. В 49 г. до н. э. Помпей послал в Египет своего сына Гнея, чтобы обеспечить поддержку войскам, которые он собирал в Македонии. Клеопатра оказала ему теплый прием (гораздо позже ходили слухи о романе между ними, но скорее всего это были сплетни) и отправила на 50 кораблях воинский контингент, оставленный Габинием. Сотрудничество с римлянами было разумным с учетом их военной мощи и долга отца Клеопатры перед Помпеем, но такие меры не могли пользоваться популярностью среди местных жителей. Регенты, контролировавшие большую часть армии и заручившиеся поддержкой жителей Александрии, изгнали Клеопатру из страны. Царица нашла убежище в Аравии и Палестине, где ее поддержал город Аскалон — один из бывших филистимских городов, упоминаемых в Ветхом Завете, который в последнее время находился под властью Птолемеев. Летом 48 г. до н. э. она собрала армию и вернулась, чтобы заявить свои права на престол. Армия Клеопатры и войско ее брата совершали осторожные маневры на противоположных сторонах дельты Нила, когда в Египет прибыл Помпей, а затем и Цезарь [7].