Нет никаких доказательств, что Цезарь когда-либо посещал Александрию или Египет до высадки на берег в октябре 48 г. до н. э. Вероятно, он был удивлен враждебностью, спровоцированной видом его ликторов, и насмешками горожан, когда он шел по улицам со своими легионерами. Пока что погода мешала ему продолжить путь, и он решил заняться делом. Большая часть денег, обещанная Цезарю Авлетом более десяти лет назад, так и не была выплачена, и Цезарь объявил, что он собирается собрать 10 000 000 денариев в счет этого долга. Победа при Фарсале лишь увеличила его и без того огромные финансовые обязательства, и теперь ему нужно было прокормить десятки тысяч солдат Помпея, сдавшихся на милость победителя. Примерно в то же время он объявил, что как человек, обеспечивший признание Птолемея Авлета, он теперь выступит в роли арбитра по вопросу о престолонаследовании. Евнух Потин, регент Птолемея XIII, не выступил с открытым протестом, но послал Ахилласу тайный приказ вернуться в город вместе с армией. В «Записках» утверждается, что под командованием Ахилласа находилось 20 000 солдат, состоявших главным образом из бывших легионеров Габиния, оставшихся в Египте и обустроивших свою семейную жизнь, а также наемников, многие из которых были беглыми рабами из римских провинций. Противник сильно превосходил Цезаря численностью, и вскоре последний оказался блокированным в обнесенном стеной дворце и в нескольких других зданиях, которые он занимал в царском квартале. Сначала установилось непрочное перемирие, но вскоре Ахиллас устроил настоящий штурм. При отражении очередной атаки легионеры Цезаря подожгли некоторые здания, и пожар вышел из-под контроля. Согласно некоторым источникам, он распространился до Александрийской библиотеки, хотя маловероятно, что ее книги серьезно пострадали, так как она еще несколько столетий оставалась центром просвещения. Большая часть горожан поддерживала царскую армию или сохраняла нейтралитет, но ходили разговоры о необходимости выдворить римлян, чтобы Египет не оказался поглощенным ими. Цезарь разослал гонцов с призывами о помощи и подкреплениях, но они должны были вернуться не скоро, а между тем ситуация грозила поражением и гибелью [11].
С самого начала Птолемей XIII и его сестра Арсиноя находились в гостях у Цезаря вместе с членами своей свиты, включая Потина. Последний намеренно вел себя оскорбительным образом, подавал римлянам дурную еду в грубой посуде, и без стеснения говорил им, что вся золотая и серебряная утварь пошла на уплату Цезарю требуемой суммы. В этот момент Клеопатра появилась на сцене самым драматическим образом, тайно проникнув во дворец на закате. Она пришла лишь с одним членом своей свиты, Аполлодором из Родоса, который отвез ее через гавань на маленьком ялике. Потом он отнес ее к Цезарю, но не завернутую в ковер в соответствии с лучшими традициями Голливуда, а в мешке для белья. Мешок развязали, и царица предстала перед Цезарем. По словам Диона Кассия, Клеопатра знала о пристрастии Цезаря к женщинам и тщательно оделась таким образом, чтобы возбудить в нем жалость к себе и одновременно потворствовать зарождающейся страсти. Они стали любовниками, и вскоре Цезарь постановил, что условия Авлета были четко изложены в завещании и что Клеопатра должна править совместно со своим братом. Юноша остался безучастным к его словам; вероятно, он уже знал, что его сестра сблизилась с римским консулом теснее, чем это когда-либо удастся ему самому. Он обратился к толпе жителей Александрии, которые в ответ устроили беспорядки на улицах. Напряжение во дворце нарастало, и ходили слухи о заговорах с целью убийства Цезаря. В прошлом он никогда не пил много вина, но теперь завел привычку оставаться со своими командирами после ужина и выпивать почти до рассвета. Утверждалось, что он делал это ради своей защиты. Один из личных рабов Цезаря подслушал разговор о готовящемся заговоре с участием Потина, и за евнухом установили наблюдение. Вскоре выяснилось, что он находится в тесном контакте с осаждающими, и его казнили. Примерно в то же время Арсиноя бежала и присоединилась к египетской армии, провозгласившей ее царицей. Вместе со своим бывшим наставником, евнухом Ганимедом, она организовала убийство Ахилласа и стала командовать войсками. Два человека, которые несли главную ответственность за убийство Помпея, спустя короткое время разделили его участь [12].