Война закончилась, и теперь оставалось умиротворить Египет. Арсиною взяли в плен и впоследствии присоединили к триумфальной процессии Цезаря в Риме, а потом отпустили жить в изгнании. Впоследствии она была убита по приказу Марка Антония и, почти несомненно, с одобрения ее старшей сестры. Клеопатра взяла своего последнего оставшегося брата Птолемея XIV в качестве соправителя, хотя было ясно, что настоящая власть находится в ее руках. На раннем этапе переговоров Цезарь обещал Арсиное и Птолемею XIV совместное управление Кипром, что было крупной уступкой, так как этот остров недавно стал римской провинцией. Это могло отражать его слабую позицию в начале Александрийской войны, но могло и подразумевать атаку на Катона, руководившего процессом присоединения Кипра. Как бы то ни было, Кипр снова был включен в состав царства, дарованного Клеопатре и ее брату.
Не вполне ясно, удалось ли Цезарю собрать деньги, которые он потребовал по прибытии в Александрию, но вероятно, он смог это сделать. Из текста «Александрийской войны» следует, что он покинул Египет вскоре после победы, но это не соответствует действительности, так как известно, что он оставался в Египте еще в течение некоторого времени — возможно, до трех месяцев. Они с Клеопатрой отправились в плавание по Нилу на роскошном царском корабле. Аппиан утверждает, что их сопровождала флотилия из 400 судов и большая часть армии. Это значит, что «круиз» был устроен не только ради удовольствия. Его замысел очевиден: показать стране новую правительницу и мощь Рима, стоящую у нее за спиной. Цезарь никогда не упускал из вида политический аспект ситуации, но это не вполне объясняет его дальнейшее поведение. Положение в Египте больше не требовало его личного внимания, но существовало много других проблем, которыми нужно было заняться. Он отсутствовал в Риме более года и за несколько месяцев осады был практически отрезан от событий, происходивших за пределами Александрии. По утверждению Светония, Цезарь был готов и дальше плыть на юг по Нилу, если бы большинство старших командиров не отказалось следовать за ним. В этой истории слышатся отголоски мятежа, положившего конец завоеваниям Александра Великого, но отсюда не следует, что она является выдумкой [15].