Цезарь понимал, что гражданская война будет продолжаться, но весть, которая заставила его уехать из Египта, была связана с внешней угрозой. Боспорский царь Фарнак был сыном Митридата Понтийского, но успел вовремя вступить в союз с Римом на достаточно раннем этапе войны, так что не разделил поражение своего отца. В своем «Восточном уложении» Помпей оставил его правителем лишь небольшой части бывших владений Митридата. Фарнак увидел в гражданской войне удобную возможность для захвата утраченных территорий и после стремительного наступления овладел Каппадокией, Арменией, Восточным Понтом и Малой Колхидой. Он проявил особую жестокость, приказав кастрировать всех пленных римлян. Большинство пленников, по всей вероятности, были гражданскими лицами, так как Помпей забрал все войска из этого региона, и Фарнак не сталкивался с серьезным сопротивлением до тех пор, пока легат Цезаря Гней Домиций Кальвин не выступил против него в декабре 48 г. до н. э. Армия Кальвина представляла собой пестрое сборище из римских и чужеземных легионов, в основном сформированных еще при Помпее и не имевших боевого опыта. Некоторые сражались хорошо, но два легиона, набранные из подданных царя Галатии и оснащенные на римский манер, разбежались почти без борьбы. После того как строй был прорван в центре, ничто не могло спасти армию Кальвина от разгрома [18].
По всей вероятности, Цезарь отбыл из Египта в начале лета (фактическая дата остается предметом разногласий). По пути в Азию он остановился в Сирийской Антиохии и в Тарсе, столице Киликии. Известно, что первосвященник Гиркан и Антипатр получили награду за свое участие в египетской кампании. Цезарь, все еще нуждавшийся в деньгах для покрытия своих растущих издержек, собрал налоги с многочисленных общин этого региона, особенно с тех, кто поддерживал Помпея. Ходили неприятные слухи о политических сварах и буйном поведении среди его подчиненных в Италии, но, несмотря на это, Цезарь продолжил путь в Каппадокию для решительного боя с Фарнаком. Его престиж мог бы сильно пострадать, если бы понтийцу удалось уйти безнаказанным. Цезарь привел с собой из Египта ветеранов Шестого легиона, сильно пострадавшего во время последней кампании и потерявшего значительную часть своего состава. К ним он добавил один легион галатов и два других, тоже потерпевших поражение вместе с Кальвином. Фарнак отправил к Цезарю послов с предложением мира на таких условиях, которые позволят ему сохранить свои завоевания. Он напомнил, что отказался направить помощь Помпею. Послы подарили римскому полководцу золотой венок в знак его победы над Помпеем. Цезарь не пошел на уступки и напомнил им о пытках и убийствах пленных римлян. Он потребовал, чтобы Фарнак немедленно ушел с Понта, вернул трофеи, отобранные у римлян, и освободил пленников. Римская армия продолжала наступать и сблизилась с противником около городка Зела, стоявшего на вершине холма. Рассчитывая на постепенную подготовку к сражению, Цезарь был удивлен, когда Фарнак устроил массированную атаку на римлян, укреплявших свой лагерь на возвышенной местности. Такая атака противоречила военным принципам античного мира, но сначала ее внезапность вызвала некоторое смятение. Однако Цезарь и его воины быстро оправились, построились в боевой порядок и оттеснили противника к подножью холма. Ветераны Шестого легиона прорвались на правом фланге, и вскоре вся вражеская армия пустилась в беспорядочное бегство. Фарнаку удалось уйти, но он был убит неким претендентом на его трон, когда вернулся в свое царство. Военная кампания завершилась всего лишь за несколько недель, и Цезарь утвердил свою власть в этом регионе. Стремительность его победы была подытожена в письме к одному из его доверенных представителей в Риме и сопровождалась лаконичной припиской, впоследствии выставленной на таблицах во время его триумфальной процессии:
XXI АФРИКА: СЕНТЯБРЬ 47 -ИЮНЬ 46 ГОДА ДО Н. Э.
«Никто не сообщает, что Цезарь покинул Александрию; известно, что вообще никто не уезжал оттуда с 15 марта и он не отправлял никаких писем с 13 декабря».