Несколько Ju-52/3m g4e (See) в начале 1940 г. поступило на вооружение KGrzbV-108 See (Kamrfgruppe zur besonderen Verwendung — бомбардировочная группа специального назначения). Эти машины принимали участие во вторжении немецких войск в Данию и Норвегию 9 апреля 1940 г. Гидросамолеты доставили людей и грузы в норвежские фьорды и на датские острова, по разным причинам не подходившие для высадки морских десантов. Гидропланы Ju-52/3m See действовали в Норвегии и на Средиземноморье на протяжении всей второй мировой войны.
Максимальная взлетная масса Ju-52/3m See в варианте гидросамолета составляла 11 500 кг, на 500 кг больше, чем у сухопутного Ju-52/3m. Лишние полтысячи кг добавили поплавки. Длина разбега по воде перед взлетом у Ju-52/3m g8e See составляла 845 м, на испытаниях самолет пробегал этот путь за 53 с. Высоту 3000 м Ju-52/3m g8e See набирал 21 минуту, максимальная скорость составляла 231 км/ч — на 55 км/ч меньше, чем у сухопутной модификации. Крейсерская скорость на малой высоте у Ju-52/3m g8e See была 173 км/ч (у сухопутной модели — 215 км/ч).
Ju-52/3m MS
Несколько десятков Ju-52/3m было переоборудовано фирмой Юнкерс — в самолеты-тралыцики Ju-52/3m MS (Minensuach — миноискатель). К нижней поверхности крыла на подкосах крепился кольцевой обтекатель с катушкой индуктивности внутри, диаметр обтекателя 14 м. В рабочем состоянии антенна запитывалась от электрогенератора (сила тока 270 А), приводимого 55-сильным 8-цилиндровым двигателем жидкостного охлаждения Мерседес «Нюрбург». Двигатель устанавливался в передней части фюзеляжа, радиатор двигателя находился непосредственно перед подкосами основных опор шасси. Дополнительное оборудование самолета в варианте тральщика весило 1136 кг. На верхней поверхности фюзеляжа для лучшего охлаждения двигателя и генераторы были сделаны дополнительные воздухозаборники по типу имевшихся на пассажирских Ju-52/3m ge. Некоторые самолеты Ju-52/3m MS оснащались воздушными винтами изменяемого шага.
Первый вылет на поиск и морских мин самолет Ju-52/3m MS выполнил у побережья Голландии в сентябре 1940 г. Обычно тральщик на боевом режиме летал на высоте 50 м над водной поверхностью, включенный соленоид создавал сильное магнитное поле, которое провоцировало детонацию мин с магнитными взрывателями. Британская авиация засыпала такими минами прибрежные воды Западной Европы.
Самолеты Ju-52/3m MS использовались с сухопутных аэродромов, расположенных на побережье Атлантики, Северного, Адриатического и Черного морей. По состоянию на ноябрь 1943 г. на вооружении Minensuchgruppen находилось 74 самолета Ju-52/3m MS. Шесть таких машин в апреле 1944 г. перебросили в Венгрию для траления Дуная, заминированного британской авиацией. В начале 1945 г. из-за нехватки топлива полеты большинства Ju-52/3m MS были прекращены.