Начиная с рейда одного Ju-52/3m, имевшего место 3 августа 1936 г., националисты все чаще стали использовать транспортные трехмоторные Юнкерсы в качестве бомбардировщиков. 13 августа два Ju-52/3m атаковали линейный корабль «JAIME I» ВМС Испании в районе Малаги, линкор был выведен из строя прямыми попаданиями двух 250-кг бомб. 20–21 августа Юнкерсы доставляли боеприпасы и другие необходимые грузы блокированным в крепости Алькасар под Толедо националистам. Грузы сбрасывались на парашютах. В конце августа силами немецких специалистов в бомбардировщики было переоборудовано шесть Ju-52/3m g3e, 27 августа они совершили первый налет на Мадрид.
7 ноября в составе войск генерала Франко был сформирован легион «Кондор». В него вошли сухопутные и авиационные подразделения германских «добровольцев». Для легиона «Кондор» из фатерлянда дополнительно прибыл 31 самолет Ju-52/3m с экипажами. Из Юнкерсов сформировали три стаффеля, сведенных в 88-ю бомбардировочную группу (К/88). В ВВС националистов все самолеты Ju-52/3m получили код «22», код наносился на бортах фюзеляжей перед индивидуальными номерами самолетов. Трехмоторные Юнкерсы успешно выполняли функции дневных бомбардировщиков вплоть до появления у республиканцев в конце 1936 г. истребителей И-15 и И-16. Медлительные Ju-52/3m становились легкой добычей скоростных и хорошо вооруженных истребителей конструкции Н.Н. Поликарпова. Теперь Юнкерсы стали использовать только как ночные бомбардировщики или на тех участках фронта, где активность авиации республиканцев была минимальной.
Самолеты Ju-52/3m из K/88 26 апреля 1937 г. принимали участие в печально известной бомбежке Герники. Герника расположена примерно в 20 км восточнее Бильбао. Центр городка был сметен с лица земли авиацией (тоже впервые в истории), погибло 300 человек, около 70 % всех зданий города превратилось в руины. Существует версия, что Гернику разбомбили из-за навигационной ошибки по причине плохой погоды. Дескать, целью налета являлись железнодорожная станция и мост восточнее города.