Успех в организации воздушного моста к окруженной в лесах под Демянском группировки породил в умах командиров люфтваффе ложную уверенность в том, что транспортная авиация справится и со снабжением еще более крупных сил, также попавших в окружение — 6-й армий генерала Паулюса. Немцы стянули на аэродромы Морозовская и Тацинская, расположенные примерно в 250 км западнее Сталинграда, 375 самолетов Ju-52/3m. Полеты по воздушному мосту начались 25 ноября 1942 г. Нормально войскам 6-й армии требовалось ежедневно доставлять по 830 т грузов, эта цифра значительно превышала реальные возможности люфтваффе. Как всегда в таких случаях решающую роль в неспособности немцев решить поставленные задачи на Западе сваливают на «генерала Мороза»: дескать, рулить по снегу загруженным самолетам было тяжело, а у летчиков-техников ручки-ушки замерзали — не фига в Россию зимой соваться! В среднем в сутки осажденная группировка получала в десять раз меньше груза — всего 93 т. Полеты на аэродром Питомник, через который и осуществлялось снабжение 6-й армии, становились все боле опасным делом из-за усиления русской ПВО и роста активности советских истребителей. Между тем, кольцо войск Красной Армии, сжимавшее Паулюса в Сталинграде, расширялось, его внешняя граница сдвигалась все западнее. Чем шире становилась полоса советских войск вокруг Сталинграда, тем опаснее становились полеты на аэродром Питомник — все больше и больше времени Юнкерсам проходилось лететь над территорией, занятой противником. Паулюс капитулировал 2 февраля 1943 г., к этому времени транспортная авиация люфтваффе потеряла под Сталинградом почти 266 Ju-52/3m и около 1000 человек летного состава. Части Красной Армии захватили в качестве трофеев еще почти 100 исправных или имевших незначительные повреждения Ju-52/3m. Часть из этих самолетов эксплуатировалась русскими.
Самолеты Ju-52/3m принимали участие в эвакуации частей 17-й армии с Кубани. Начиная с 19 апреля, транспортная авиация работала в интересах войск, подавлявших восстание в еврейском гетто Варшавы. Юнкерсы сбрасывали на восставших бомбы и листовки.
Последним масштабным случаем применения транспортной авиации люфтваффе стало снабжение окруженной в районе Бреслау (в настоящее время Вроцлав, Польша) группировки немецких войск. Воздушный мост начал функционировать в середине февраля 1945 г., последние три Ju-52/3m приземлились в Бреслау 7 апреля. В этой операции люфтваффе потеряли 165 самолетов, в том числе и Ju-52/3m.
Спорадически Ju-52/3m летали в окруженный советскими войсками Берлин. В последний раз Юнкерс из Transportgeschwader-3 (TG-3) появился над Берлином 29 апреля 1945 г., за день до самоубийства Адольфа Гитлера. Самолет сбросил свой груз над Тиргартеном, недалеко от Рейхсканцелярии.
По состоянию на 25 апреля 1945 г. в Transportgeschwadern-1, 2 и 3, и в Transportgruppe-20 имелось 190 самолетов Ju-52/3m. Из этого числа 137 самолетов досталось союзникам в качестве трофеев. Очень немногие из 3400 построенных Ju-52/3m уцелели до конца войны.