Переписка с генерал-губернатором идет параллельно с созданием Лиги, с хлопотами по освоению Северного Борнео. Злосчастная статья разом лишает Рисаля возможности заняться каким бы то ни было делом, она оставляет ему один путь — на родину. Причем он отлично сознает, что его ждет опасность, может быть, даже смерть. Доказательство этому — два письма от 20 июня 1892 года, сразу после празднования своего дня рождения. Первое письмо адресовано родителям, брату, сестрам, друзьям. В нем он пишет: «Любовь, которую я испытываю к вам, продиктовала этот шаг, и только будущее покажет, разумен ли он… Я знаю, что заставил вас много страдать, но я не раскаиваюсь в содеянном, и если бы мне пришлось начать сначала, я сделал бы то же самое, потому что таков мой долг. Я уезжаю с радостью, — чтобы подвергнуть себя опасности… Я рискую жизнью, чтобы спасти столько невинных… Кто я такой?
Одинокий человек без своей семьи, разочаровавшийся в жизни. Много раз я ошибался, и будущее мое мрачно, если оно не озарится светом, зарей моей родины. А между тем есть много существ, полных надежд, и, может быть, с моей смертью все они станут счастливыми».
Напомним, что адресаты письма живут с ним в одном доме, но не им передает он конверт, а своему португальскому другу Маркешу. Ему же он оставляет второе письмо, адресованное филиппинцам. В нем он пишет: «Шаг, который я предпринимаю, несомненно, опасен, и нет нужды говорить, что я долго его обдумывал. Я знаю, почти все против него, но я знаю и то, чего почти никто не знает, — что происходит в моем сердце… Если я умру, многие будут торжествовать, так как ждут моей гибели. Но что делать? Долг совести для меня превыше всего… Кроме того, я хочу показать тем, кто отказывает нам в патриотизме, что мы умеем умирать за наше дело и наши убеждения. Что значит смерть, если умираешь за родину и за тех, кого обожаешь?»
На другой день, 21 июня 1892 года, Рисаль пишет третье письмо Деспухолю. Он уже не требует никаких гарантий, а сообщает, что плывет на Филиппины на том же судне, которое везет это письмо. «Друзья и посторонние, — обращается он к генерал-губернатору, — пытались отговорить меня от этого шага, указывая на опасности, которым я подвергаю себя, но я верю в справедливость вашего высокопревосходительства, который защищает всех испанских подданных на Филиппинах, в справедливость моего дела, в чистоту моей совести…»
Для семьи решение Рисаля — тяжелейший удар. Но он неколебим. Когда он считает нужным, он идет даже против воли родителей. Жертвенность его натуры, желание показать пример соотечественникам и тем отвести упреки, высказанные в злосчастной статье, делают его возвращение на Филиппины неизбежным. Поняв, что сына и брата не переубедишь, семья принимает его волеизъявление как волю божию — пусть едет. Но пустить его одного нельзя, и на семейном совете решено, что его будет сопровождать сестра Люсия — она одна не подвергалась преследованиям властей, остальным появляться в Маниле опасно. 21 июня 1892 года Рисаль и Люсия садятся на пароход и в полдень 26 июня прибывают в Манильский порт. Мысли Рисаля настолько заняты предстоящей на родине встречей, что он впервые не ведет дневника во время путешествия.
А встреча ему уготована если не торжественная, то внушительная. В 1887 году его приезд прошел незамеченным, теперь же, пишет он, «меня встречали много карабинеров во главе с майором. Кроме того, там были капитан и сержант гражданской гвардии». Пассажиры сходят на берег, Рисаль беседует со встречающими, а тем временем в другом помещении таможенники досматривают багаж. Досмотром руководит юркий молодой человек, который оказывается не кем иным, как племянником архиепископа, сам же архиепископ давно досаждает генерал-губернатору требованиями не пускать в страну «флибустьера», если же тот осмелится появиться — немедленно расправиться с ним. Ему, как и всем церковникам, крайне нужны доказательства подрывной деятельности Рисаля. Что же удивительного в том, что в подушке и в тюфяке Люсии юркий молодой человек находит листовки под названием «Бедные монахи»? Ни у кого не вызывает сомнений, что их подсунули Люсии. Путешественникам же пока ничего не сообщают. Получив багаж, Рисаль и Люсия отправляются в отель «Ориенте», а оттуда Рисаль, даже не переодевшись, спешит в Малаканьянг, дворец генерал-губернатора. Тот велит передать через адъютанта, чтобы Рисаль зашел попозже. Вежливый гость почтительно приподнимает котелок и покидает дворец.