До XX века участки, находившиеся вне церковной ограды Петропавловского храма были размежёванными на шесть мелких участков и числились под номерами 65/36, 66/37, 67/38, 69/39, 69/40, 70/40 (см. ЦАНТД, Басманная часть, ф. 1, № 64–70/35–40, д.18, 1896 год). Затем они были объединены в два крупных владения. И к 1917 году храм свв. апп. Петра и Павла в Новой Басманной слободе был владельцем трёх участков земли, числившихся под крепостными номерами 64/35 (в ограде храма), 63/34 и 65/37 (вне церковной ограды), очерченных Новой Басманной улицей, Басманным и Жеребцовским переулками и линией Московско – Курско – Нижегородской железной дороги. Согласно описи владения, составленной Московской Городской Управой 5 июня 1914 года (ЦИАМ, ф.179, оп. 63, д.613, л. 1–4) во всех трёх участках значилось количества земли 1181,5 кв. саженей. Из которой под постройками было 296,2 кв. саж. земли, под дворами – 885,3 кв. саж. Владения были канализованы, имелся водопровод. На владениях находились следующие строения: 1) по Жеребцовскому переулку деревянное одноэтажное жилое строение с мезонином и антресолями, в котором размещались квартиры диакона и просфорницы; 2) на монастыре (в ограде) церкви деревянное одноэтажное жилое строение на каменном жилом полуподвальном этаже с пристройкой для сеней и крыльцом – жильё псаломщика; 3) в церковной ограде деревянное одноэтажное жилое строение – квартира священника; 4) по Жеребцовскому переулку каменное жилое 2-этажное строение на полуподвальном жилом этаже, в котором размещалась церковно – приходская школа, церковная богадельня и Басманный приют Общества попечения о неимущих и нуждающихся в защите детях в Москве; 5) по Басманному переулку и монастырю – деревянное одноэтажное жилое строение на каменном подвальном жилом этаже – квартира протоиерея. Все эти владения со строениями, принадлежавшими Петропавловской церкви в Новой Басманной слободе, были конфискованы новым государством для нужд города Москвы. В 1918 году по договору с Моссоветом, заключенному по август 1923 года, здание храма и всё церковное имущество было принято «двадцаткой» (церковно – приходской совет из 20 человек). По предписанию юридического отдела Московского совдепа от 27 декабря 1918 года, церковным отделом Комиссии по охране памятников был произведён осмотр храма на Новой Басманной, на предмет учета художественных и исторических ценностей. В результате был составлен список предметов, подлежащих учету и охране (иконы, паникадила, напрестольные кресты, евангелия). Несмотря на то, что срок окончания действия договора с Моссоветом (1923 год) ещё не истёк, 23 января 1919 года был заключён новый договор православной общины при храме свв. апп. Петра и Павла с Моссоветом, согласно которому, община верующих принимала в бессрочное бесплатное пользование 2-этажное здание самой церкви с богослужебными предметами по особой описи. Одновременно храму передавались иконы и церковная утварь из упраздненных домовых церквей: из дома князя Голицына, из гимназии Мансбах и несколько икон из Рязанского парка электрического трамвая. В 1920‑е годы церкви свв. апп. Петра и Павла было также передано по описи имущество упраздненной церкви св. Ианнуария в бывшем Запасном дворце (иконы, евангелия, кресты). В начале 20‑х годов в храме велись ремонтно – реставрационные работы. Известно, что к весне 1923 года они не были закончены. В 1921 году Петропавловский храм был ограблен. Похищены лампады, напрестольные кресты, дарохранительницы. Это событие явилось поводом для придирок к верующим. И в конце 1923 года Административный отдел Моссовета расторгнул с ними договор под тем предлогом, что они недостаточно заботились о сохранности переданного им по договору имущества. Истинной же причиной этого акта была поддержка верующими патриарха Тихона и отказ этой группы признать «обновленческое движение». Новый договор был заключён с группой обновленцев, с мотивировкой «как наиболее политически желательной и лояльной к власти». Таким образом, в январе 1924 года церковь свв. апп. Петра и Павла была передана обновленцам – оппозиционному движению в Русской Православной Церкви, выступавшему за модернизацию религиозного культа. В 1931 году после закрытия храма Христа Спасителя, здесь находилась Богословская академия во главе с митрополитом А. И. Введенским (1888–1946 гг.), идеологом русской обновленческой церкви. В конце января 1924 года последовало обращение «Тихоновской» группы в Наркомат Юстиции с жалобой на расторжение с ней договора и передачу храма малочисленной обновленческой группе. Они писали, что по социальному составу все они трудящиеся, что среди них нет ни капиталистов, ни буржуев: «Мы все добываем себе хлеб упорным трудом, большинство из нашей группы – простые рабочие физического труда. Группа отказывается признать обновленческое движение, а желает молиться по – старому, без возношения патриарха Тихона».