В архиве сохранилось дело о награждении А. А. Залогина золотой медалью на Владимирской ленте за его пожертвования на возобновление церкви. Кроме 11000 рублей серебром на обновление трёх иконостасов им были внесены ещё 11000 рублей серебром на другие нужды церкви: переборку галерейных стен, устройство нового пола, новых печей и «росписание» (вернее обновление) стенописи церкви, что составило половину всей суммы, израсходованной на ремонт храма. Вся церковь была оштукатурена.
Во время производства каменных работ для сохранения главной церкви были устроены вокруг неё в арках деревянные стены со стеклянными рамами. В результате реконструкции храм приобрел тот облик, который можно увидеть на фотографиях второй половины XIX – первой половины XX века. Он превратился в один из самых благолепно устроенных храмов Москвы, а его настоятель Пётр Матвеевич Терновский встал во главе Петропавловского благочиния Сретенского сорока.
В 1897 году в нижнем этаже колокольни было устроено помещение «для поставления покойников, приносимых родными их, Петропавловского прихода прихожанами на время после смерти до отпевания и погребения». При этом окно, выходящее на Новую Басманную, предполагалось перестроить в дверь «без всяких изменений в размере и форме», по проекту архитектора А. С. Каминского.
Новая власть, установленная в России в результате октябрьского большевистского мятежа 1917 года лишила юридических и гражданских прав религиозные организации, их центры и общины верующих. Законодательные акты Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета (ВЦИК) и Совета Народных Комиссаров (Совнаркома) были направлены, в первую очередь, на уничтожение Русской Православной Церкви, искоренение веры и христианских благотворительных традиций российского общества. В соответствии с принятыми постановлениями храмовые здания стали считаться собственностью государства и могли быть переданы в пользование религиозной общине – группе верующих, зарегистрированной в органах местной власти. Однако подлежали конфискации в пользу государства объекты церковной недвижимости: жилые дома, торговые помещения, здания богаделен, школ, приютов и больниц, содержавшихся в основном за счет приходов и их благотворительных учреждений.