В 1770 году священник Алексей Иоаннов с приходскими людьми и вкладчиками обратились с прошением в Правительствующий Синод об устройстве придела. Они жаловались, что в зимнее время в верхней церкви свв. апп. Петра и Павла «ранние службы с немалым трудом исправляются, а за морозами и вьюгой редко и бывают». «Для исправления в зимнее время ранних служб» они просили устроить придел в паперти при нижней церкви свт. Николая. Благочинный Сретенского сорока, Троицкой церкви иерей Иоанн Игнатьев и церкви Спасской, что в Пушкарях иерей Стефан Васильев освидетельствовали место для нового придела «не будет ли в той паперти утеснения и темноты» и нашли его удобным. После чего архиепископом Калужским и Московским Амвросием было разрешено построить в нижнем храме новый придел во имя Рождества Пресвятые Богородицы. Он был устроен южнее церкви Святителя и Чудотворца Николая, у западных дверей. При этом предполагалось для лучшего освещения «сделать вновь окно и против оного светлую дверь». В 1772 году новый придел Рождества Пресвятые Богородицы был освящён архимандритом Сретенского монастыря Никоном. Упразднён, по – видимому, в 30‑е годы XIX века.
Сохранилась клировая ведомость церкви за 1775 год – это самая ранняя отчетная ведомость, ежегодно посылаемая священником в Духовную Консисторию. В ней сообщалось: «Церковь приходская во имя святых апостол Петра и Павла, что в Новой Басманной, каменная о двух департаментов в твердости с двумя приделами. Утвари довольно». Всего в Петропавловском приходе Сретенского сорока, по данным ведомости, проживало 391 человек мужского пола и такое же количество женского. Среди прихожан, подписавших ведомость, именитые граждане: «вдовствующая графиня Екатерина Ивановна Шувалова, генерал – аншеф Василий Иванович Чулков, вдовствующая генеральша Марфа Васильевна Балк, бригадир князь Владимир Борисович Голицын, полковник Алексей Андреевич Думашев». Некоторые из них: А. И. Ширяева, М. В. Балк, С. А. Демидова, Е. С. Гендрикова, Е. И. Шувалова, – имели свои домовые церкви, состоящие в приходе церкви свв. апп. Петра и Павла.
До 1782 года церковь не имела внутренней росписи. По прошению священника церкви свв. апп. Петра и Павла «о расписании оную ж церковь живописным украшением» верхняя холодная церковь святых апостолов Петра и Павла в 1782 году была расписана «стенным писанием». Одновременно были разобраны хоры («ветхи и притом отнимают свет и красоту») по обеим сторонам помещения и оставлены только задние хоры. Сведений о том, была ли расписана в XVIII веке нижняя церковь, в документах не содержится. Известно, однако, что она была расписана в 1807 году, впоследствии роспись неоднократно поновлялась. Имеется подробное описание сюжетов росписи 1807 года, сделанное в 1843 году.
В 1812 году во время наполеоновского нашествия из 300 московских церквей пострадало от пожара более 110. Церковь свв. апп. Петра и Павла на Новой Басманной была разграблена, многие иконы остались без окладов и венцов, и числилась среди обгоревших. У Красных ворот французы устроили из церковных образов мишень для стрельбы. Неприятелем были сожжены расположенные на церковной земле деревянные дома священника и диакона. В 1813 году в числе 15 московских храмов Петропавловская церковь получила из средств, пожертвованных костромским дворянством «на поправку церквей неприятелем разоренных», 1500 рублей. Они были использованы «для починки крыши на трапезе и колокольне, а также лестницы, ведущей в верхнюю церковь». В 1814 году была составлена подробная послепожарная опись церковного имущества, самая ранняя из сохранившихся. Имеются архивные данные о том, что в 1819 году колокольню оштукатурили, израсходовав «лебастру на щекотурку» – 300 пудов.