В 1825 году назрела необходимость в ремонте «пришедшей в ветхость от времени и мокроты» открытой белокаменной лестницы начала XVIII века, ведущей в верхний ярус церкви. Вместо каменных были сделаны чугунные ступени, оштукатурены стены и своды крытого входа в церковь. В 30‑е годы XIX века в нижней церкви вместо одного Рождественского придела были устроены два других: придел в честь иконы Владимирской Божией Матери, освящённый в 1830 году, и придел в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали», освящённый в 1832 году. В архиве найдены ранее неизвестные документы об истории создания Владимирского придела. Он был основан на пожертвования прихожанина храма свв. апп. Петра и Павла надворного советника Маркела Демидовича Мещанинова. Ещё при жизни своей, в 1820 году М. Д. Мещанинов завещал своим наследникам шесть тысяч рублей ассигнациями, чтобы «…в приходе их церкви… в нижнем этаже, вошед в западные двери, под перапетом на левой стороне в паперти устроить вновь придел во имя Владимирские Божий Матери, который образ им уже и отдан в означенную церковь…, и в нижнем этаже в тёплую церковь Святителя и Чудотворца Николая открыть арку для удобнейшего вмещения народа и для уравнения воздуха».
План церкви и рисунок иконостаса прилагался. В мае 1830 года сын Маркела Демидовича, коллежский асессор Петр Маркелович Мещанинов, выполняя волю отца, обратился за разрешением в Московскую Духовную Консисторию. По её предписанию архитекторы В. А. Балашов и Н. И. Козловский освидетельствовали прочность церковного здания, и запрашиваемые работы были Консисторией разрешены. В декабре 1830 года священник церкви Симеон Алексеев и староста московский купец Никифор Еремин доносили о готовности придела, и им был послан указ о выдаче святого антиминса и об освящении придела.
В 1842 году вместо пришедшего в ветхость старого иконостаса (в стиле барокко, начала ХVIII века) был сделан новый иконостас в нижней церкви Святителя и Чудотворца Николая, по проекту архитектора Степана Петровича Мельникова. Одновременно была возобновлена стенная живопись в нижней церкви: «полинялые» от времени лики были поправлены и покрыты новыми красками.
К середине XIX века здание церкви пришло в большую ветхость. Особенно оно страдало от сырости. Строительные работы, проведенные в 1856–1868 годы, стали значительным этапом в формировании существующего ныне здания. По инициативе старосты церкви, потомственного почетного гражданина Сергея Дмитриевича Ширяева и на пожертвования его и прихожанина церкви московского купца 3‑й гильдии Андрея Афанасьевича Залогина начались работы по обновлению храма. Перестройка продолжалась 12 лет и производилась под присмотром архитектора Николая Ильича Козловского и, по – видимому, по его проекту. Обновление, прежде всего, заключалось в расширении храма: старые стены галерей были полностью разобраны и сложены на новых местах. При этом галереи, по габаритам превосходящие прежние, были продолжены к востоку и к западу, окружив объём алтаря и включив устроенную прежде крытую лестницу. Новые фасады были выстроены с сохранением первоначальной стилистики петровского времени. Во вновь построенных помещениях, на месте бывшей галереи были устроены два придела: на южной стороне – в честь иконы Божией Матери «Утоли моя печали», на северной – в честь иконы Владимирской Божией Матери. Под руководством художника Д. А. Шера в нижней церкви была возобновлена резьба и позолота трёх иконостасов, двух клиросов, восемнадцати больших киотов, рамок для образов. Были отремонтированы печи, оконные рамы и другие «ветхости», сделан ремонт колокольни, а в 1868 году – «наружной стороны» церкви. В это же время первоначальный ярус звона на храме был заменён новым барабаном, а на колокольне был надстроен верхний ярус – резонатор. Шпилеобразные завершения храма и колокольни были заменены традиционными главами.