О деятельности миссионеров существуют многочисленные сведения. Из них становится очевидным, что указания, которые давались миссионерам Конгрегацией пропаганды веры, делались отчасти под влиянием того посттридентского образа мыслей, который возобладал в Римской курии во времена Брестской унии и попыток Молдавской унии; это проявлялось особенно в тех случаях, когда робкие умы обращались с запросами в Рим, чтобы преодолеть собственные сомнения. С другой стороны, из той же самой Конгрегации исходило достаточно много других установок, которые показывают, что на этот счет там не было единого мнения. Особенно в середине XVII в. в римском миссионерском центре настолько были вытеснены все сомнения относительно восточных христиан, что никаких серьёзных попыток осуществить предостережения от сотрудничества, кроме тех, которые были изданы, не предпринималось, так как сотрудничество миссионеров с местными восточными церквами достигло в это время своего высшего уровня.
Один пример такого сотрудничества, который одновременно показывает, что оно протекало не без проблем, опубликовал в 1657 г. французский иезуит Ф. Ришар. Он рассказывает об одном греческом епископе, который приехал в Санторину в октябре 1650 г. в качестве посланника Вселенского патриарха. Грек прослушал проповедь одного иезуита, пишет Ф. Ришар, и был так доволен ею, что дал ему, по его просьбе, документ, разрешающий проповедовать в греческих церквях архипелага. В документе сказано, что он «призывал всех священников и всех служителей, находящихся под юрисдикцией его патриарха, нас (то есть иезуитов) во всех церквях принимать как его самого, и нашим отцам без возражения разрешать проповедовать Слово Господне всюду, где отцы пожелают». Сюда же было включено право исповедовать, потому что право выслушивать исповеди относилось тогда, как свидетельствуют донесения иезуитов, к проповеднической деятельности. Позже дело дошло, к сожалению, до конфликта, потому что отцы Общества Иисуса давали одностороннюю оценку многим греческим церковным обычаям, применяя к ним мерки того богословия, которое они изучали в учебных заведениях своей родины. Например, они упрямо противились почитанию свт. Григория Паламы, потому что его богословие казалось им неприемлемым. Следствием этого были разногласия с греческим клиром, и из одного послания собрата Ф. Ришара мы узнаём, что тот самый греческий епископ, который разрешил проповеди, через несколько лет объявил об отлучении от церкви тех, кто впредь будет посещать проповеди иезуитов или ходить к ним на исповедь.
Тем конфликт был исчерпан. На рубеже XVI и XVII столетий иезуиты из этой же самой миссии докладывали о событиях, подобных тому, о чем мы уже знаем от Ф. Ришара.Точно так же в середине XVII столетия один миссионер-капуцин писал о похожей ситуации в Египте и, наблюдая истинное положение вещей, утверждал, что необходима большая сдержанность, чтобы оставалось возможным пастырское сотрудничество: «Миссия дает хорошие результаты у коптов, которые весьма смышлёны, и чей патриарх, который называет себя епископом Александрии, простой и добрый человек, приглашает наших свободно общаться с христианами и разрешает религиозное преподавание. В их церквях по воскресеньям без всякого возражения с их стороны наши проповедуют на арабском языке. В городах... с большой пользой читаются проповеди, преподаётся катехизис, выслушиваются исповеди и выполняются прочие задачи миссии; поскольку мы держимся по отношению к ним смиренно, благосклонно, почтительно и исполнены дружелюбия и любви, и поскольку мы придерживаемся их обычаев, которые безмерно строги, в своем образе жизни».