К сожалению, деятельность миссионеров со временем привела к образованию партий в восточных церквах и, в конце концов, даже к их расколу. Среди миссионеров всё больше разгорались споры по вопросу о том, может ли та или другая особенность традиции восточных христиан быть сохраняема в единении с католиками. Из-за ситуации в Западной Европе сложилось так, что в богословских школах Запада, где получали образование миссионеры для Востока, требовалось уделять столь много внимания полемике с протестантами, что восточными традициями почти перестали заниматься. Следствием было то, что прибывшие на Восток миссионеры становились жертвами различных недоразумений. Кроме того, Конгрегация пропаганды веры считала уместным давать миссионерам слишком детальные указания, так что они были ограничены в возможности пыяснить многие проблемы в беседах на местах. Чем отчётливее указывал дорогу миссионерский центр, тем меньше возможностей имели миссионеры прислушаться к тому, что казалось важным и верным восточным христианам. Поэтому стал невозможным взаимный равнозначный обмен мнениями, при котором миссионеры и восточные христиане могли бы, высказывая свои пожелания, выражая свои представления о Божьей милости, стремиться к успешному пастырскому служению. Де Вриз обобщает то, что сформировалось со временем: «Их (миссионеров) цель заключалась в том, чтобы по возможности скорее прийти к общему объединению различных разделённых общин. Они пытались начать с того, чтобы привлечь на свою сторону епископов и патриархов, потом пошли по пути многих единичных обращений. Обращённых, по меньшей мере, тайно, через признание символа веры на исповеди, они внешне оставляли в их прежней общине; во-первых, потому что практически нельзя было иначе, во-вторых, с намерением нарушить однородность этих общин с помощью католических элементов и овладеть ими изнутри. Когда этот процесс зашёл бы довольно далеко, миссионеры попытались бы при возможной вакансии (епископской) кафедры поставить католика и во главе общего патриархата».
В XVIII в., после целого столетия пастырской деятельности католических миссионеров среди восточных христиан, дело зашло так далеко, что теперь многие из тех, кто тесно общался с миссионерами, выполняя все без исключения римские условия, «возвращался в родной дом истинной церкви», из которого некогда, как считали латиняне в соответствии с посттридентской экклезиологией, «вышли отцы восточной церкви».
Деятельность миссионеров, которая в XVII в. замышлялась как помощь восточным церквам в Османской империи, привела к началу XVIII в. к расколу, потому что параллельно с традиционными поместными восточными церквами началось основание отдельных униатских общин. Современный православный патриарх Антиохии отметил в связи с этим в докладе, произнесённом в Вене, когда он ещё был митрополитом Латтакии: «В католической церкви нет достаточно ясного понимания того, какие раны нанесены за последние три века в сердце православных и старых восточных церквей. Мы были и являемся ещё сегодня ослабленными церквами, как в экономическом, так и в культурном отношении. Наша церковь-сестра посылала в наши страны легионы миссионеров, которые часто были очень квалифицированными. Доверие, с которым мы их принимали, привело к разочарованию. Вместо того чтобы нам помочь, нас обновить, могущественные церкви Запада пытались нас „обратить“ и учреждали за наш счёт униатские церкви, как униатско-латинские, так и униатско-протестантские. Помогают ли церкви, „церкви-сестре“, как сегодня говорят, тем, что её делят?»
Многообразные связи между Римом и восточными церквами, которые возникли с середины XVI в. в Османской империи и немного позже в Персидской, развивались и в XVII в. и привели к тому, что отдельные иерархи, богословы или знатные люди pro foro interno (по решению, которое касалось лишь совести, но оставалось скрытым от общественности) индивидуально вступали в унию с Римским престолом, но pro foro externo (публично) оставались на прежнем месте в их (не связанной унией с Римом) церкви.
Так же как и соборы Молдавской и Киевской митрополий, они считали, что пришло время принять всерьёз решения Ферраро-Флорентийского собора. Но поскольку из-за турецкого владычества их церквам это было невозможно сделать открыто, как в Молдавской и Киевской митрополиях, они осуществляли это тайно, так сказать, как «первенцы», надеясь, что за ними последуют вскоре их церкви целиком. Были и высокие должностные лица, которые сами не присоединялись к унии, но клириков, о которых они хорошо знали, что те связаны унией с Римом, возводили на самые влиятельные церковные посты.