Адмирал отправился из Испании в свое третье плавание и, достигнув берегов Антильских островов, часть своей флотилии направил в Санто-Доминго, в то время как остальные корабли под его командованием продолжили путь к Империи Великого Хана и проливу Золотого Херсонеса.
В это время в Санто-Доминго поднялся мятеж против его брата. Один из ставленников адмирала по имени Ролдан, человек невежественный, но энергичный и гораздо более властный, чем Колумбы, взбунтовался против дона Бартоломео, поставив его в тяжелое положение. Ведь в это же время аделантадо должен был идти войной на вновь восставших касиков внутренних провинций, чтобы окончательно подчинить их.
На остров адмирал прибыл в августе 1498 года, и оба брата обняли его после двух с половиной лет разлуки. Куэвас с женой, наблюдая, как дон Христофор сходит на берег, заметили, что возраст и болезни оставили свой след в облике адмирала.
В нем еще больше усугубилась та тяга к мистике, которая в первом плавании заставила Лусеро поверить в то, что ее хозяин разговаривает с Богом один на один.
Во время третьего плавания адмирала часто посещали видения. В его каюте на корабле появлялись то ангелы небесные, то сам Бог, чтобы что-то посоветовать ему либо воодушевить в минуты отчаяния.
Колумб исследовал побережье Азии на протяжении многих лиг, обнаружил богатый жемчугом пролив Парии и привез с собой несколько фунтов жемчужин. Этого богатства было так много, что одному из соседних островов адмирал дал имя Маргарита, поскольку это имя всегда было синонимом жемчуга.
Нигде адмирал не обнаружил и следа того, что поблизости находится Империя Великого Хана, но зато определил точное местонахождение рая земного и сделал открытие, что земля «не круглая, как многие думают, но грушевидная или в форме женской груди», а на верхушке ее, или же на соске, находится сад Эдема, где жили Ева и Адам.
Сильные течения в заливе Парии заставили его поверить, что в этом месте есть уклон, море взбирается вверх, и адмирал счел это доказательством того, что земля не совершенно круглая, а имеет вершину.
Также он наблюдал, что на протяжении многих лиг море было пресным: это были воды реки Ориноко, проникающей далеко в Океан. Колумб решил, что эта огромная река является одной из тех четырех рек, которые спускаются с вершины рая, чтобы напоить всю землю… Уверенность в том, что он находится рядом с горой, на вершине которой цветет Эдем наших прародителей, еще больше укрепило его веру в то, что он плывет вдоль берегов Азии, поскольку, согласно описаниям всех авторов, рай находится именно в этой части мира.
Наконец состояние его кораблей и недостаток провизии вынудили Колумба повернуть к Эспаньоле. Адмирал хотел своими глазами увидеть новый город Санто-Доминго; он был доволен уже сделанными в этом плавании открытиями и спешил лично, своим собственным пером описать их королям.
Его возвращение на остров послужило восстановлению хороших отношений между аделантадо и Ролданом; последний вновь стал сторонником адмирала, хотя еще недавно возглавлял всех испанцев, недовольных Колумбом, количество которых росло день ото дня.
Несколько месяцев спустя Фернандо Куэвас и все его друзья с огромной радостью узнали о том, что четыре судна под командованием Алонсо де Охеды бросили якорь на западе острова.
Из-за относительной оторванности колонии от Испании большинство ее обитателей с большим опозданием узнавали о том, что происходит в их стране. Королям уже стало понятно, насколько абсурдно сохранять за Колумбом монополию на плавание к вновь открытым землям. Многие испанские мореплаватели, может и уступавшие Колумбу в воображении, но зато более рассудительные в оценке реальности, постоянно просили согласия королей на экспедиции к новым берегам.
Никто уже не верил ни в существование Великого Хана, ни в то, что новые земли принадлежат Азии. Колумб был единственным, кто продолжал цепляться за свою фантастическую географию. Этот человек, который всего восемь лет назад был новатором, теперь превратился в консерватора, упорно пребывающего в своих старых заблуждениях.
Все эти искатели новых земель просили лишь разрешения и не требовали никаких денег, в то время как Колумб свои плавания всегда совершал за счет королевской казны. Поэтому из экономических соображений, а также чтобы удовлетворить просителей, наконец было принято решение сделать Океан свободным для тех, кто хочет искать новые земли, упразднив эту эгоистичную и абсурдную привилегию.