После казни Мухики Колумб отлучился из Санто-Доминго, чтобы присмотреть за спокойствием в Королевской Долине. Его брат Бартоломео на пару с Ролданом находились в Харагуа, вешая мятежных испанцев. К величайшему несчастью для дона Христофора, в Санто-Доминго остался править церковник дон Диего, который по скудости своего недалекого ума попытался не признать полномочия Бобадильи, подвергая сомнению королевские документы, которые тот представил для аккредитации своей миссии. Дошло даже до того, что дон Диего решил оказать вооруженное сопротивление, направив сторонникам своего брата тайный призыв всем вместе атаковать Бобадилью.
Куэвас также был в числе тех, к кому дон Диего обратился с этой просьбой, но все проявили слабость и нерешительность, поскольку появление Бобадильи вызвало восторженный порыв среди большинства колонистов. Мигель Диас, муж индейской правительницы Каталины, который был комендантом крепости Санто-Доминго, отказался передать ее в руки королевского посланника, но так и не нашел того, кто исполнил бы его приказ защищать крепость. И командор, на глазах у всех жителей, без всякого сопротивления вошел в крепость и освободил заключенных, которые там находились в ожидании казни.
Как и несколько лет назад, когда приезжал предыдущий посланник королей Хуан Агуадо, Колумб не торопился вернуться в Санто-Доминго. По городу ходили слухи, что адмирал просил касиков Королевской долины вооружить своих людей и помочь ему выдворить Бобадилью, восстав таким образом против королевской власти.
По мере того как семейство Колумбов тянуло время, не торопясь подчиняться, Бобадилья, диктатор по натуре, разъярялся все больше и больше. Куэвас в дальнейшем смог оценить его характер, поскольку Бобадилья оставался править в Санто-Доминго еще в течение двух лет. Королевский посланник был порядочным человеком, хотя и склонным к ошибкам в силу своего бурного темперамента, в своих решениях он всегда оставался неподкупным и честным и не слишком стремился к собственному обогащению. Обладая надменным характером, он никому не позволял поставить под сомнение ту власть, которую осуществлял.
Не обращая внимания на сопротивление дона Диего Колумба, Бобадилья приказал надеть на него ножные кандалы: главное средство, которое применялось в те времена ко всем задержанным для ограничения свободы арестанта, кем бы тот ни являлся. Заковывать в кандалы задержанного было первым предписанием судей, и достаточно было даже на несколько дней попасть в европейскую тюрьму, чтобы тут же ощутить на руках и ногах железные кольца.
Когда Колумб наконец появился в городе, Бобадилья распорядился и его заковать в кандалы и препроводить на одну из каравелл; то же самое он проделал через несколько дней и с его братом Бартоломео, водворив его на другой корабль.
Никто не протестовал против этих решений нового губернатора. Простой народ ликовал. Знатные горожане, которые в плаваниях под командованием дона Колумба привыкли относиться с почтением к его персоне, смотрели на все происходящее с чувством сострадания, однако молчали. А тем самым человеком, кто с нескрываемой радостью заклепал железо на ногах Колумба, оказался его личный повар.
На каравелле к Колумбу отнеслись с уважением. Но та толпа, которая собралась на берегу во время отплытия кораблей, провожала Колумба оскорблениями, проклятиями и пожеланиями никогда его больше не видеть.
Едва вышли в море, Андрес Мартин, капитан каравеллы, на которой везли Колумба, собирался снять оковы с адмирала, однако тот, всегда склонный к крайностям в своих поступках, пожелал оставить кандалы на ногах – как вещественное доказательство неблагодарности королей по отношению к нему.
Впоследствии Куэвас узнал, что, несмотря на всю свою браваду, перед королевой Изабеллой Колумб предстал не надменной жертвой несправедливости, а раскаивающимся и смиренно просящим о помиловании. Многие из обвинений, выдвигаемые противниками адмирала, были эмоциональными и несправедливыми, но вместе с тем невозможно было объяснить его жестокость как правителя, бессердечность при распределении провизии, а главное, почему он и его братья столько времени хранили в подвалах золото, добытое в шахтах, не распределяя ту часть, которая была положена работавшим на рудниках.
Тем не менее короли публично простили его со словами, что «скорее хотят видеть его исправившимся, чем наказанным», а для того, чтобы он мог оправдать себя и вернуть свой авторитет, решили оплатить ему четвертое и последнее плавание на поиски Великого Хана, поскольку адмирал сейчас как никогда раньше был уверен, что найдет пролив Золотого Херсонеса и дойдет до устья Ганга.