Ипатьевский монастырь возник на стрелке р. Волги и р. Костромы, которая теперь отделена от монастырских стен Нижегородским (Горьковским) водохранилищем. При громкой известности Ипатьевского монастыря точная история его возникновения неизвестна. Наиболее широко известна версия основания монастыря влиятельным татарским чиновником мурзой Четом. Легенда рассказывает, что знатный татарский князь мурза Чет якобы в 1330 г. выехал из Золотой Орды в Москву на службу к великому князю московскому Ивану Калите, по дороге он тяжело заболел и был вынужден остановиться для отдыха и лечения в устье р. Костромы (на месте будущего Ипатьевского монастыря). Во сне Чету явилась Пресвятая Богородица с апостолом Филиппом и великомучеником Ипатием Гангрским. Богоматерь пообещала ему исцеление от болезни, если он примет православную веру, откажется от мусульманства. Чет обещал принять православие, выздоровел и продолжил свой путь в Москву. Чет крестился, стал православным татарином Захарием, а на месте явления ему во сне Богородицы основал монастырь, посвятил его священномученику Ипатию, Гангрскому Чудотворцу. Захарий стал якобы родоначальником двух боярских фамилий – Годуновых и Сабуровых. В конце земной жизни именно в этот монастырь приезжали доживать свой век сам Захарий и его потомки, где все они завещали себя похоронить, что выполнялось. (К нашему времени в подклете Троицкого собора из усыпальниц потомков Захарии сохранилась только одна; уничтожена также и могила самого Захария.)
А по другой версии и историческим данным этот монастырь основал в 1275 г. князь Василий Ярославич Квашня, после смерти которого этот монастырь со временем попал под покровительство бояр Годуновых, породнившихся с царским родом. Расцвет Ипатьевского монастыря начался только с возвышением семейства Годуновых.
Сестра Бориса Годунова Ирина стала женой царевича, а затем и царя Федора Ивановича (1557–1598 гг., царь с 1584 г.; канонизирован), сына Ивана Грозного. Появилась вероятность того, что годуновская кровь будет в царских детях. Годуновы усиленно стали называть себя потомками знатного мурзы Чета, якобы основателя их рода и Ипатьевского монастыря (в 1330 г.), где была родовая усыпальница бояр Годуновых. Сами Годуновы изо всех сил разными путями и средствами старались доказать и утвердить в сознании современников давность их рода и знатность их предков. Доказывая давность и родовитость своего происхождения, они стремились этим оградить себя от политических претензий действительно родовитых бояр – Шуйских, Романовых, Захарьиных. Борис Федорович Годунов и его дядя Дмитрий Иванович Годунов делали богатейшие вклады в Ипатьевский монастырь, что позволило развернуть в нем солидное каменное строительство и позволило превратить этот монастырь в крупный очаг культуры. При поддержке Годуновых в монастыре была создана иконописная мастерская.
Большинство современников Годуновых сомневались в знатном происхождении Годуновых, которых постоянно обвиняли в «худородности». На самом деле предками бояр Годуновых были природные костромичи – бояре Зерновы (в Ипатьевском монастыре была их родовая усыпальница) и бояре Годуновы, вытесненные из узкого круга правящего московского боярства в разряд провинциальных дворян, переставших получать придворные чины и ответственные воеводские назначения. К середине XVI в. Годуновы не входили в список «тысячи лучших слуг», то есть в список членов цвета тогдашнего дворянства. Бывшие костромские бояре Годуновы со временем стали вяземскими помещиками. Отец Бориса Годунова Федор Иванович и его родной брат Дмитрий Иванович владели сообща небольшой вотчиной в Костроме. В костромском Ипатьевском монастыре со временем эти оба брата и жена Федора (мать Бориса Годунова) были похоронены.
Отец Бориса рано умер. Бориса и его сестру Ирину взял в свою семью родной дядя Дмитрий Иванович, у которого свои дети умерли. Этот дядя, скромный вяземский помещик, попал в опричный корпус и ко двору царя Ивана Грозного, занял влиятельный пост постельничего, его племянник и племянница (ровесница царевича Федора) оказались в царских палатах, при дворе. Борис Годунов смог сполна использовать открывшиеся плодоносные возможности пребывания при царском дворе. Едва достигнув совершеннолетия, он надел опричный кафтан, служил стряпчим, за усердие был замечен, начались его карьерные успехи. Его сестра Ирина стала женой царевича, а затем царя Федора Ивановича, превосходила мужа по уму и была практичнее его, приобрела над ним большую власть. Это способствовало новым успехам в карьере Бориса Годунова.
Примерно в 20 лет (1572) Борис Годунов удостоверил подписью документ о пожертвовании родовой вотчины Годуновых в Ипатьевский монастырь (вотчина Годуновых граничила с монастырской территорией).