Со временем, став не только царским шурином (братом жены царя), но и первым помощником, самым доверенным лицом царя Федора Ивановича, Борис Годунов целых 14 лет (1584–1598) был реально (де-факто) первым правящим лицом в государстве, хотя де-юре первым был царь. Царица Ирина часто и неудачно была беременной, детей у царской четы не было.
Борис Годунов как человек с трезвой практической хваткой пытался помочь бездетной царской чете. Он решил обратиться к лучшим английским медикам за рекомендациями относительно бездетной царицы Ирины. Королева Англии Елизавета послала к русскому двору искусную, опытную повивальную бабку и доктора. Однако это получило преждевременную огласку, и в Москву был допущен только доктор. Годунов надеялся, что рождение наследника упрочит будущее царской династии и, следовательно, положение самих Годуновых при дворе. Помочь медицинскими средствами царской чете не удалось по объективным и субъективным причинам. Жизнеспособные дети в царской семье так и не родились, Борис Годунов оценил сложившуюся картину как знак свыше ему к борьбе за царский престол для него самого.
Эта ситуация давала Годуновым хрупкую надежду самим со временем официально приобрести царский статус. Это усилило их хлопоты по упрочению легенды об их высоком происхождении и долгой истории их рода, также усилило их внимание, пожертвования, помощь Ипатьевскому монастырю, монахи которого с выгодой для обители старались упрочить престиж Годуновых, в том числе они пытались доказать знатность их происхождения.
О существовании мурзы Чета, будто бы приехавшего на Русь в первой половине XIV в., говорится в единственном источнике – «Сказании о Чете». Но достоверность этого источника невелика, ведь составляли «Сказание» монахи тогда захолустного Ипатьевского монастыря. Со временем, когда Годуновы вспомнили, что Ипатьевский монастырь служил их родовой усыпальницей, появился шанс связать их происхождение с татарским князем Четом, якобы основателем этого монастыря. Сочиняя родословную сказку о Чете, монахи прежде всего стремились исторически обосновать княжеское происхождение Бориса Годунова и давнюю связь новой царской династии с Ипатьевским монастырем (Б.Ф. Годунов царствовал 7 лет, в 1598–1605 гг.). С научных позиций «Сказание о Чете» полно исторических несоответствий и не заслуживает доверия. Однако в памяти многих доверчивых потомков Ипатьевский монастырь остается истоком двух царских фамилий – Годуновых и Романовых (в 1613 г. в нем был призван на царство Михаил Романов). Почти вся остальная история этого монастыря меркнет в сравнении с этими двумя событиями.
Очень долго Ипатьевский монастырь был малоизвестен и небогат. Его прославление, обогащение, процветание начались только с возвышением семейства Годуновых во второй половине XVI в. и особенно после женитьбы царевича Федора Ивановича на Ирине Федоровне Годуновой, (которая часто и всегда неудачно была беременной). Детей у царской четы не было. А святой Ипатий Гангрский (епископ, священномученик, убит около 326 г., в его честь назван Ипатьевский монастырь) почитался на Руси– России прежде всего как «разрешитель спаситель от неплодства и бесчадия», существовала об этом особая молитва ему, не удивительно, что царская чета и Годуновы были особо щедрыми именно к этому монастырю, тем более, что он был еще связан с историей семейства Годуновых.