Чтобы решить проблему управления соединениями и частями флота, базирующимися в Прибалтике, приказом Военного совета КБФ № 1930-35 от 17 ноября 1939 г., все надводные, подводные и военно-воздушные силы, а также части Береговой обороны флота, находившиеся в базах Таллин, Палдиски и Либава, были подчинены в оперативном отношении капитану 1-го ранга В. А. Алафузову, назначенному заместителем командующего Краснознаменным Балтийским флотом. Штаб заместителя командующего флотом[927]
(начальник – капитан 2-го ранга С. Г. Кучеров) располагался в Таллине[928]. Вторым по важности лицом в структуре управления новыми базами был комендант Береговой обороны Балтийского района (БОБР) комбриг С. И. Кабанов, назначенный на эту должность 16 октября (утвержден 3 ноября)[929]. Ему было поручена организация морской и противовоздушной обороны военно-морской базы в Палдиски, которая ранее их не имела.Надо сказать, что Алафузов был заместителем командующего не в полном смысле этого слова, а лишь по командованию той частью сил флота, которую нельзя было назвать соединением, и на которую была возложена определённая боевая задача в войне с Финляндией. Эта задача – блокада побережья Финляндии – практически не была связана с теми боевыми задачами, которые выполнялись остальными силами КБФ в восточной части Финского залива. Таким образом, замкомфлотом В. А. Алафузов являлся лишь начальником на самостоятельном оперативном направлении. Командование силами КБФ в Прибалтике в такой форме оставалось до февраля 1940-го года.
К началу февраля 1940 г. надводные корабли и подводные лодки Балтфлота, ввиду полного замерзания Финского залива и Балтийского моря, полностью прекратили боевую деятельность. Так как западные базы КБФ к этому моменту уже организационно окрепли, а действиями сил КБФ по осуществлению блокады Финляндии не надо было руководить, 4 февраля 1940 г. приказом наркома ВМФ должность заместителя командующего КБФ была ликвидирована. Также был упразднён и Походный штаб КБФ. Вместо этой командной структуры, приказом наркома ВМФ № 0025 от 31 января 1940 г. были созданы Балтийская и Либавская военно-морские базы. В Балтийскую военно-морскую базу (БВМБ), командиром которой был назначен флагман 2-го ранга В. А. Алафузов (с 1 марта 1940 г. – капитан 2-го ранга С. Г. Кучеров), являвшийся также младшим флагманом, входили военно-морские базы Таллин и Палдиски[930]
.Балтийской военно-морской базе (БВМБ) были подчинены: 3-я бригада подлодок в составе 23-го и 24-го ДПЛ; 3-й дивизион эсминцев (эсминцы «Карл Маркс», «Энгельс», «Володарский», «Артем», «Ленин»); 3-й дивизион торпедных катеров (2 отряда ТК); Охрана Балтийского водного района в составе 1-го дивизиона быстроходных тральщиков, сторожевых кораблей «Буря» и «Циклон», 1-го дивизиона сторожевых катеров; Охрана рейда в Таллине; Охрана рейда в Палдиски; 83-й и 202-й отдельные зенитные артиллерийские дивизионы. Этим же приказом Управление командующего Береговой обороной Балтийского района было переформировано в Управление коменданта БО Балтийской военно-морской базы.
Коменданту Береговой обороны Балтийской военно-морской базы подчинялись: 34-й отдельный артиллерийский дивизион; отдельная 152-мм трехорудийная береговая батарея № 12; отдельные 130-мм трехорудийные береговые батареи № 24, 25, 26 и 27; отдельные 45-мм четырехорудийные береговые батареи №№ 241, 242, 243, 244, 245, 246; отдельная 180-мм четырехорудийная железнодорожная батарея № 12. Командиру Балтийской военно-морской базы были также приданы в оперативное подчинение 10-я авиабригада в составе управления, 15-й и 44-й отдельных авиаэскадрилий, 20-го и 30-го отдельных авиаотрядов, 28-я авиабазы и части береговой СНиС[931]
.Либавской военно-морской базе (командир – капитан 1-го ранга А. П. Шергин, с 4 февраля 1940 г. – капитан 1-го ранга П. А. Трайнин) были подчинены Отряд лёгких сил, 13-й, 16-й и 21-й дивизионы подлодок, 84-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион. Кроме того, приказом командующего КБФ № 0025 от 4 февраля 1940 г. в состав базы Лиепая с 1 февраля были переданы из состава Охраны водного района КБФ 2-й дивизион быстроходных тральщиков в составе тральщиков «Т-208», «Т-210», «Т-213» и звено сторожевых катеров в составе 3 катеров типа «МО-4», а из состава 3-й бригады подлодок – 26-й дивизион с дислокацией в Лиепая[932]
.После осуществления воинских перевозок в новые места базирования, к 5 февраля 1940 г. численность личного состава соединений и частей КБФ в Прибалтике достигла 15885 человек в Эстонии (из них 13150 человек – в береговых частях и 2735 человек – на кораблях) и 8274 человека в Латвии (из них 4486 человек – в береговых частях и 3788 человек – на кораблях)[933]
. В том числе, в Таллине в береговых частях находилось 1306 человек, в Палдиски – 7208 человек, на островах Моонзундского архипелага – 4641 человек, в Лиепае – 2705 человек и в Вентспилсе – 1781 человек[934].