Вечером того же дня, в 23.08 «Вильгельм Густлофф» был торпедирован советской подводной лодкой С-13 под командованием Александра Ивановича Маринеско. В левый борт судна попало три торпеды: одна — в носовую часть, вторая — в район капитанского мостика, и третья — в район миделя. Несмотря на то, что все водонепроницаемые двери судна тут же были закрыты, стало ясно, что судно скоро затонет. Третья торпеда вывела из строя силовую установку лайнера, что повлекло за собой его полное обесточивание. Сигнал бедствия был послан с борта сопровождавшего «Густлофф» в этом походе миноносца «Лёве». «Вильгельм Густлофф» начал погружаться носом, с нарастающим креном на левый борт. В первые секунды после взрывов беженцы с нижних палуб стали рваться наверх, к спасательным шлюпкам и плотикам. В результате давки, возникшей на лестницах и в проходах перегруженного судна, погибли, как выяснилось позже, около тысячи человек. Многие, отчаявшись добраться до спасательных средств, кончали жизнь самоубийством или просили пристрелить их.
Члены команды лайнера, приписанные к шлюпкам, в большинстве своем погибли при взрывах, и руководство спасательной операцией взяли на себя подводники. Они позволяли садиться в спускаемые шлюпки только женщинам и детям. Естественно, ни о какой гребле в укомплектованных таким образом плавсредствах речи не шло, шлюпки начало разносить по холодному зимнему морю. Лишь немногие счастливцы были сняты с палуб «Густлоффа» и подобраны из шлюпок миноносцем «Лёве» и подошедшим к месту катастрофы торпедоловом Т-36.
Около полуночи, когда крен лайнера достиг 22 град., капитан Петерсен отдал приказ оставить судно и спасаться, хотя именно это и пытались сделать люди на борту, начиная с первых секунд катастрофы. В ожидании погрузки в шлюпки огромное число беженцев столпилось на застекленной прогулочной палубе. Когда в носовой части палубы появилась вода, в проходах на шлюпочную палубу вновь началась давка. Попытки выбить толстые триплексы окон ни к чему не привели. Лишь одно из бронированных стекол, находившееся уже ниже уровня воды, в конце концов лопнуло, и через образовавшуюся брешь несколько человек были выброшены на поверхность моря. До полного погружения лайнера на его борту погибли еще около 2500 человек.
«Вильгельм Густлофф» затонул с креном около 90 град, в десять минут первого. Агония лайнера продолжалась всего около часа. При температуре воздуха минус 18 °C у людей, находившихся в шлюпках, было мало шансов выжить. Очень многие погибли от переохлаждения. Число людей, расставшихся с жизнью после посадки в спасательные средства, по приблизительным подсчетам, составило 1800 человек. Всего жертвами этой страшной катастрофы стали порядка 5340 человек, включая около 3000 детей. «Вильгельм Густлофф» до сих пор лежит в месте своего упокоения неподалеку от Гдыни.
Официальная пропаганда в СССР на протяжении всех послевоенных лет утверждала, что на борту «Густлоффа» находились экипажи германских подводников и «фашистские бонзы с семьями». Интересно, откуда бы во всей Восточной Пруссии взялось столько «бонз»? И как квалифицировать поступок Маринеско в свете истинной картины катастрофы? Кстати, даже восточные немцы никогда не скрывали, кто являлся пассажирами «Густлоффа» в действительности. Клаус Роте в книге «Германские океанские пассажирские суда», изданной в Берлине в 1986 г., приводит приблизительную сухую статистику происшедшего
На взгляд авторов данной книги, Александр Маринеско — как в свое время Вальтер Швигер — просто выполнял свой долг. Но если Швигера, потопившего «Лузитанию», считают военным преступником, то Маринеско — героем. На самом деле, если избавиться от пропагандистских клише и лишней патетики, оба они просто были солдатами на войне и выполняли свой воинский долг, без какой-либо извращенной жестокости.
Судьба «Роберта Лея» также сложилась трагически. Судно в течение первых трех месяцев 1945 г. совершало рейсы между портами Восточной Пруссии и Гамбургом, переправляя германских беженцев. 24 марта лайнер находился в Гамбурге. Не успев начать разгрузку, «Лей» попал под союзную бомбежку и был поражен несколькими фугасными и зажигательными бомбами. Лайнер затонул, унеся множество человеческих жизней (конкретных цифр, похоже, не знает никто). В июне 1947 г. остов «Лея» был поднят, отбуксирован в Англию и разрезан на металлолом.
Для германской компании «Гамбург — Зюдамерика Линие» на гамбургской верфи «Блом унд Фосс» в 1927 г. был построен изящный трехтрубный лайнер «Кап Аркона». Судно имело валовую вместимость 27560 брт, длину 206 м и ширину 25,7 м. Две достаточно экономичные турбины сообщали «Кап Аркона» скорость в 20 узлов. Пассажировместимость судна составляла 1215 человек, которые размещались по трехклассной компоновке. Численность экипажа — 475 человек.