Православные, открывши собор, прежде всего постановили послать послов за митрополитом Рогозою и епископами его партии, чтобы они явились к ним для личного объяснения по поводу взводимых на них обвинений; но те, поддерживаемые польским правительством, иезуитами и латинским духовенством, само собою разумеется, не явились на зов православного собора. За первым приглашением, по примеру древней церкви, члены православного Брестского собора еще два раза посылали за ними, а когда и на эти два приглашения они не явились, то приступлено было к рассмотрению их проступков. Из объяснений как Львовского епископа Гедеона Болобана, так и других лиц, но особенно из подлинных писем отступников православия, ясно было, что больше всех виновны: сам митрополит Михаил Рогоза, а затем Поцей и Терлецкий, остальные же лица только последовали их примеру. Поэтому на четвертый день соборных заседаний, то есть 9 октября, все они, по единогласному решению собора, были лишены сана, о чем, через архимандрита Киево-Печерского монастыря Никифора Тура, и было объявлено им письменно. После этого собор занялся рассмотрением прошений, поданных протосанкеллу Никифору. Прошения эти поданы были от всех городов и земель области Волынской, а также от Киева, Переяславля, Пинска и разных областей бывшего Литовского государства. В этих прошениях народ просил членов собора не изменять древнего богослужения, не приступать к соединению с римскою церковью без согласия восточных патриархов, не вводить в православную церковь никакой новизны и отрешать от должностей всех, кто только задумает отпасть от православия. Эти прошения имели весьма важное значение, потому что они согласовались с намерениями самих членов собора и подняли дух и энергию сих последних.
9 октября (это было в субботу) собор закончил свои заседания торжественною молитвою и разошелся.
Униатский собор, под председательством Суликовского, продолжался так же, как и православный, четыре дня. На четвертый день своих заседаний (9 октября) члены сего собора осудили всех духовных лиц, присутствовавших на православном соборе, как противников митрополита; при этом униатский собор обвинил еще протосанкелла Никифора в самозванстве и дурном поведении.
В тот же день Михаил Рогоза и все униатские и римские епископы в торжественной процессии, в священных облачениях отправились в церковь Св. Николая и там торжественно провозгласили унию; а затем митрополит Рогоза разослал православному духовенству и мирянам окружное послание, в котором, объявляя о сем событии, укорял Восточную церковь в ее древнем заблуждении и отказывался от общения с нею.
В ответ на это послание протосанкелл Никифор от лица вселенских патриархов и Брестского православного собора также разослал грамоту, в которой объявлял об отлучении от церкви митрополита Рогозу и его сообщников, причем благословлял всех духовных лиц, оставшихся верными православию, и разрешал епископам – львовскому и перемышльскому – удовлетворять духовные нужды прочих епархий, епископы которых отпали в унию.
Таким образом, старания иезуитов увенчались успехом: уния была введена среди западнорусского народа в областях бывшего Литовского государства, по крайней мере официальным образом.
Арест протосанкелла Никифора и суд над ним. Полемическая литература.
Спустя два месяца после провозглашения унии Сигизмунд III издал новый универсал, в котором снова объявлял о принятии сего исповедания митрополитом и русскими епископами и при этом опять убеждал всех православных последовать примеру своих владык. В то же время, по наущению иезуитов, король велел арестовать протосанкелла Никифора, как человека весьма опасного унии, и предать его суду.