Рутский был сын московского воеводы. В 1568 г., после сражения при Улле (притоке 3. Двины), Рутский передался на сторону поляков и принял было кальвинизм. Но иезуиты постарались его обратить в католичество, а потом, заметя в нем блестящие способности, отправили для образования в Рим. Там он определен был в греческую коллегию, где и окончил курс одним из первых учеников. По окончании курса иезуиты уговорили Рутского принять унию, с тем чтобы отправиться в западнорусские владения для обращения своих соотечественников в это исповедание. В 1605 г. он прибыл в Вильну. Митрополит Поцей принял его очень ласково, как будущего борца за унию. В следующем году Рутский поступил в монахи, а в 1608 г. возведен был в сан архимандрита Троицкого монастыря, в это время уже обращенного в униатский монастырь, и сделан наместником Поцея и его помощником. В качестве помощника митрополита Рутский усердно действовал для распространения и упрочения унии; он заведовал виленскою униатскою школою и Троицким униатским братством, и вообще широким взглядом обнимал положение дел униатской церкви.
8 августа 1613 г., после смерти Поцея, Сигизмунд III пожаловал Рутскому грамоту на униатскую митрополию, а спустя три месяца папа утвердил его в сане митрополита.
Сделавшись митрополитом, Вельямин Рутский занялся внутренним устройством униатской церкви и главным образом образованием базилианского ордена.
До церковной унии все русские монастыри в Речи Посполитой устроены были по уставу святого Василия Великого. Каждый из них был независим друг от друга и подчинялся только своему настоятелю и своему епархиальному владыке. В таком виде все они мало-помалу перешли в руки униатов. Рутский, получивши власть митрополита, задумал все эти монастыри соединить как бы в один общий монастырь и из всех униатских иноков образовать одно общество и братство по образцу братства иезуитского. С этою целию он в 1617 г. созвал в имение свое Новогродовичи (Минской губ.) на съезд всех настоятелей униатских монастырей и пригласил сюда нескольких ученых и опытных иезуитов для совещания. Съезд имел 10 заседаний, на которых постановлено было: а) все униатское монашество соединяется в одно общество под названием «ордена базилиан»; б) орден базилиан управляется особым генералом, или начальником ордена, который называется протоархимандритом, с четырьмя ассистентами; в) генералы и ассистенты выбираются из среды самого ордена на общем съезде настоятелей всех униатских монастырей и в присутствии митрополита, который имеет при этом два голоса; г) орден не зависит от епархиальных начальников (митрополита и епископов), он подчиняется одному папе и от одного его получает распоряжения; д) все униатские епископы избираются только из базилиан; е) распоряжения митрополита относительно назначения лиц на высшие униатские духовные должности совершаются не иначе как с согласия протоархимандрита и его ассистентов; ж) при каждом епархиальном архиерее находится один из членов базилианского ордена по назначению протоархимандрита; з) члены ордена базилиан считают членов ордена иезуитов своими братьями по духу, цели и действию; и) в орден имеют право поступать и католики; и) протоархимандрит, его ассистенты, настоятели монастырей и вообще все высшие лица в администрации базилианского ордена не иначе определяются на свои места, как предварительно получивши образование на Западе, в иезуитских школах; к) воспитание униатского юношества находится в руках базилиан, и никто не имеет права получить в униатской церкви место священника, если раньше не будет обучаться в униатских школах.
Такое устройство базилианского ордена явно показывает, что орден основан был с целью олатинить унию. И действительно, мы видим, что уния с того времени, как основан был базилианский орден, начала все более и более перерождаться в латинство. А это последнее повело к тому, что в 1720 г. на Замостском соборе торжественно было объявлено о признании униатскою церковью догматов и обрядов латинской церкви.
5 февраля 1637 г. Иосиф-Вельямин Рутский умер в Дермоне. После него униатских митрополитов было 13. Все они более или менее отличались миролюбивым направлением по отношению к православным, за исключением двух: Киприана Жоховского и Иасафа Смигоржевского.