В 1358 году митрополит Алексий попал в сильный шторм в византийской бухте Золотой Рог близ Константинополя. Он дал обет, что если останется жив, то построит в Москве собор в честь того святого, чья память праздновалась в тот день. Буря застигла его в день Спаса Нерукотворного, и, вернувшись в Москву, в 1361 году Алексий основал в Заяузье Спасский монастырь с главным деревянным собором в честь Спаса Нерукотворного. В 1371 году великий князь Дмитрий Иванович, будущий – Донской, провожаемый митрополитом Алексием в Орду за ярлыком, молился в монастыре об избавлении от опасностей. А девятью годами позже москвичи встречали близ Спасской обители полки князя Дмитрия Донского, победно возвращавшиеся после Куликовской битвы. В монастыре отслужили благодарственный молебен и панихиду об упокоении русских воинов, «за веру и отечество живот свой на поле брани положивших». Здесь, по преданию, захоронена часть павших в сражении. При игумене Александре в 1420 году на месте деревянного собора был возведен новый, каменный, сохранившийся до наших дней. Расписывали его знаменитые древнерусские мастера Андрей Рублев и Даниил Черный. Преподобный Андрей Рублев принял постриг в этом монастыре и долгое время был его монахом. Здесь же иконописцы были похоронены, по старым сведениям – в соборе на том месте, где стояла его колокольня. В 30-х годах архитектору П.Д. Барановскому удалось отыскать старинную надгробную плиту с надписью XV века. Это произошло поздним вечером, и ученый не смог разглядеть ее как следует. Он отложил изучение находки до утра, сняв только отпечаток с надписи, и просидел над ним всю ночь. Это оказалось единственным, что осталось в руках архитектора. В ту же ночь рабочие раскрошили плиту и посыпали дорожки монастыря, чтобы уберечь их от осенней слякоти. Так была потеряна единственная ниточка, которая, возможно, вела в далекую древность к могиле Андрея Рублева.
Церковь в монастырской колокольне постройки 1739–42 гг. До обновления 1830 году – во имя Бориса и Глеба. Постановление Президиума Моссовета о ликвидации было 16 сентября 1925 г.
Церковь типа восьмерик на четверике над северными монастырскими воротами. Хороший памятник московского барокко. Построена А. Л. Римским-Корсаковым в 1696. Закрыта в 1930 году Богослужения возобновлены в 1993 году.
Впервые церковь упоминается в 1625, тогда она была деревянной с Никольским приделом. Тогда она называлась Божедомской, в 1678 году – в Чертолье к Убогому дому, в 1730 – у Пречистенских ворот на Божедомке. Каменное здание ее было построено на дворе боярина Алексея Петровича Салтыкова на средства царицы Марфы Матвеевны Апраксиной, «по особому ее государскому обещанию в вечное поминовение супруга ея блаженныя памяти благоверного царя и великого князя Феодора Алексеевича» в 1694 году, а освятили через два года. Это была небольшая холодная церковь – односветный четверик с восьмериком. По сравнению с богато украшенными церквами того времени, эта была совсем скромной, несмотря на то, что храмоздательницей была бывшая царица.
По датам постройки приделов данные несколько расходятся. Вероятнее всего, В 1729 году, по просьбе Елены Никитичны Ладыженской, позволено устроить с южной стороны храма теплый придел во имя Николая Чудотворца, в 1730 году он был окончательно устроен и освящен. Позже построен с левой стороны придел во имя св. великомученицы Параскевы-Пятницы и освящен приблизительно в 1746 году. В 1810-х годах к основному зданию пристроили невысокую колокольню и новую ампирную трапезную с теми же приделами – Никольским и Пятницы Параскевы. В 1812 году на приделах обгорели крыши, а приделы, срачицы, одежды, антимнасы, иконостасы и утварь сохранились. Они освящены в 1814 году благочинным-Троицким на Арбате протоиереем Герасимом Александровым. Церковь снесена в 1934 году.
Каменный монастырский Спасский храм заложен в 1483. Обитель сгорела в 1547, но была возобновлена. В 1625 церковь упоминается уже как приходская. В 1641 пристроен придел мч. Екатерины, а в 1647 – возведена колокольня. В начале ХVIII в. была выстроена вновь главная церковь, восьмерик на четверике. Новый теплый Екатерининский храм со вторым престолом в трапезной во имя Кирика и Иулитты (известным с 1722) построен в 1733, возможно с использованием частей прежнего придела. Примыкал к главной церкви с севера и был практически одного с ней размера. Колокольня того же 1733. Спасская церковь закрыта в конце 1920-х, вскоре сломана.