1 февраля 1946 г. ОПФЛ был ликвидирован. ПФЛ с контингентом, всеми кадрами работников лагеря, охраны, хозяйством, помещениями, транспортом и имуществом были переданы в состав лагерей ГУЛАГ. Дальнейшее пополнение лагерей контингентом прекращалось, проверка полностью передавалась в местные органы НКВД. Наличествующий в ПФЛ контингент после «фильтрации» передавался в кадры промышленности, по мере передачи контингента сокращались аппараты управлений и отделений лагерей. Освобождавшийся офицерский состав передавался на укомплектование организуемых комендатур НКВД. После передачи всего контингента лагеря окончательно были ликвидированы. В дальнейшем, в 1946–1955 гг., вся тяжесть проверки легла на местные органы НКВД. С самого начала проведения «фильтрации» перед ними стояла задача по розыску и выявлению шпионов, диверсантов, дезертиров, предателей и пособников, а также работа с «фильтрационным» материалом, а впоследствии с репатриантами.
Через территориальные органы НКВД проходил «фильтрационный» материал на граждан, находившихся в ПФЛ, переданных в постоянные кадры промышленности и находящихся в рабочих батальонах на данной территории, а также на возвратившихся к постоянному месту жительства. Дела, заведенные на граждан в ходе проверки, передавались вслед за перемещением проверяемых. В настоящее время в местных архивах хранятся «фильтрационные» и архивно-следственные дела на советских граждан, прошедших «фильтрацию». Таким образом, фонды фильтрационных дел в территориальных органах безопасности сложились из материалов, переданных по месту рождения или жительства «фильтранта», а также из дел, заведенных на местах на вновь выявленных граждан, подлежащих проверке. В результате передачи материалов из архивов органов госбезопасности на государственное хранение по состоянию на 1999 г. поступило 327 718 трофейных и проверочно-фильтрационных дел[673]
. В частности, в архивах Новосибирской обл. хранится 11 635 «фильтрационных» дел[674], Воронежской — 87 260[675], Нижегородской — 24 766[676], Калужской обл. — 16 882 дел[677].В первые годы войны проверочно-фильтрационными комиссиями (ПФК) на местах проводились учет и проверка немногочисленного контингента из числа отправленных к постоянному месту жительства, не вызывающих подозрения граждан, не пригодных к военной службе. После выхода советских войск к государственной границе объем работы ПФК значительно увеличился в связи с появлением репатриантов. Безусловно, цифры по репатриации советских граждан и «фильтрации» не могут быть отождествлены. Процент граждан, подлежащих проверке, среди репатриантов по разным регионам неодинаков.
По данным ПФД Новгородской обл., изученным историком В. И. Толстых, самой многочисленной возрастной группой среди репатриантов являлись дети в возрасте до 16 лет. Сильный дисбаланс был отмечен между мужской и женской частью репатриированного населения, что связано с мобилизацией на фронт мужского населения. Почти одну шестую долю от общего количества репатриированного населения составляли люди в возрасте 55 лет и старше[678]
.Для органов НКВД на местах, занимавшиеся «фильтрацией» репатриированных граждан, была установлена месячная отчетность о наличии и движении репатриированных советских граждан, а также декадная сводка о количестве лиц, проходящих «фильтрацию» в районных и городских отделах (отделениях) НКВД, с приложением учетных карточек на зарегистрированных в ПФК лиц. Декадные и месячные отчеты составлялись ПФК и предоставлялись в 1-е спецотделы НКВД — УНКВД по территориальности. Спецотделы, в свою очередь, после обработки и обобщения пересылали отчеты в ОПФЛ НКВД СССР[679]
.