В год, предшествующий войне, перед сотнями сотрудников ФСБ в Украине была поставлена конкретная задача расширить существующую российскую агентурную сеть, чтобы: обеспечить разведку изнутри украинского правительства (особенно военных и служб безопасности); оценить волю украинцев к сопротивлению российскому вторжению (используя, в частности, опросы); выявить и завербовать потенциальных лидеров для замены существующих национальных и местных государственных чиновников (а также определить для устранения тех украинских лидеров, которые выступают против России). Результаты работы ФСБ учитывались при планировании действий российских военных.
Накануне вторжения ФСБ и ее агентурная сеть начали предпринимать "прямые действия" в поддержку российских военных. Эти меры включали уничтожение объектов или инфраструктуры, важных для украинских военных, и, наоборот, защиту объектов или инфраструктуры (например, мостов и аэродромов), необходимых для передвижения российских войск и техники после начала вторжения. 9-е управление координировало свою деятельность с российскими вооруженными силами, что было нехарактерно для исторических отношений между ФСБ и Министерством обороны. Координация была настолько тесной, что офицеры ФСБ присутствовали в головных российских военных частях, которые пытались захватить такие крупные города, как Киев и Харьков в конце февраля 2022 года.
Помимо прямой поддержки военной кампании, ФСБ также создавала "фильтрационные лагеря" для украинцев на оккупированных Россией территориях. В этих жутко звучащих лагерях ФСБ должна была: (1) проверяла людей, чтобы определить их статус (гражданский, военный или другой); (2) регистрировала и допрашивала их; и, основываясь на результатах проверки и допроса, (3) задерживала или освобождала их. Российские фильтрационные лагеря стали еще одним источником военных преступлений и нарушений прав человека: широко распространены сообщения о пытках и внесудебных расправах, совершаемых в этих учреждениях.
Многочисленные роли ФСБ во вторжении были широко распространены и учитывались в серьезно ошибочном планировании Кремлем сокращенной "специальной военной операции" против Украины. Это планирование было основано, во-первых, на переоценке способности ФСБ ослабить оборону Украины и сопротивление вторжению и тем самым уменьшить нагрузку на российские вооруженные силы, позволив им действовать с меньшим количеством войск и техники, чем они могли бы использовать в противном случае. Во-вторых, российское планирование было повсеместно дезинформировано советами, которые Путин получал от ФСБ: у большинства украинцев не было желания сражаться за свою страну против России. ФСБ в основном не выполнила первую предпосылку и ошиблась во второй.
Единственным регионом, в котором российские вооруженные силы добились определенных успехов во время вторжения в 2022 году, был юг Украины, где ФСБ и ее агентурная сеть действовали наиболее эффективно. Именно на юге, например, не были уничтожены ключевые мосты, необходимые российским военным для быстрого продвижения из Крыма, как ранее планировало украинское правительство. Зеленский пожаловался на отсутствие эффективного сопротивления в регионе, и старшие офицеры Службы безопасности Украины (СБУ), украинского аналога ФСБ, были обвинены в государственной измене, включая главу СБУ в Херсоне. Впоследствии Зеленский уволил директора СБУ Ивана Баканова после ареста советника Баканова Олега Кулинича, который возглавлял СБУ в Крыму. Украинские прокуроры обвинили Кулинича в том, что он вступил в сговор с русскими перед войной и препятствовал своевременному распространению разведданных о том, что российские вооруженные силы в Крыму мобилизуются для наступления на юге.
Однако в других местах ФСБ не добилась такого же успеха в подрыве обороны Украины, что негативно сказалось на результатах действий российских военных. Если бы ФСБ была столь же эффективна на остальной территории Украины, как на юге, "специальная военная операция" могла бы достичь большего количества целей Кремля или, как минимум, российские потери могли бы быть снижены. Однако это далеко не так, потому что существовала более серьезная проблема, подорвавшая российское вторжение, в которой также была повинна ФСБ: излишняя самоуверенность, приведшая к недостаточной подготовке и нехватке ресурсов для огромных масштабов войны.
ФСБ поддерживала и усиливала распространяемый с самого верха российского правительства нарратив о том, что большинство украинцев приветствовали бы "братскую" интервенцию России или, по крайней мере, не были бы готовы сопротивляться ей насильственно. Некоторые сотрудники ФСБ действительно могли так думать, а другие просто говорили то, что хотел услышать Путин, потому что они всегда так делали. Но, имея сотни подготовленных офицеров, находившихся в Украине до войны, ФСБ обладала уникальными возможностями для того, чтобы дать Путину точный совет по этому важнейшему вопросу, и она его жестоко подвела.