Весной 1944 года в составе 5 гв. АД ДД был образован новый 337 АП ДД. Кроме молодых летчиков в него влились опытные пилоты из 14 и 22 гвардейских полков дивизии. Аркадий Могильницкий был назначен командиром звена в 1 эскадрилью нового полка. В состав его экипажа входили: второй пилот Г. Кундич, Н. Заболотный, затем штурман Н. Калугин, стрелки Б. Родин и В. Сурков, стрелок-радист В. Гусев. Еще годим довелось вместе испытывать судьбу. 29 мая 1944 г. экипаж выполнил первое спецзадание. Под ним понимали доставку груза к партизанам или заброску разведчиков. После 7 часов 10 минут полета В-25 возвратился на аэродром Калиновка. Вроде бы "тайные" полеты должны быть безопаснее бомбовых ударов. Но, если в районе цели было относительно тихо, то на маршруте (а их в наших штабах прокладывали порой куда шаблон- нее, чем немцы) сосредотачивались поля зенитной артиллерии и поджидали истребители противника. Вскоре потери стали обескураживающими. Впрочем, экипажу Могильницкого сопутствовала удача – даже в труднейших условиях он возвращался на базу, б октября 1944 г. В-25 командира звена поднялся с аэродрома Рошиори-де-Веде в Румынии с подпольщиками на борту и, достигнув района выброски в горах Югославии, 3 часа кружил там в надежде увидеть на земле условные сигналы. Рядом мелькали горные вершины, заходили в атаку немецкие истребители, но командир ждал. Наконец, внизу загорелись огни.
Десант пошел вниз. Еще до приземления корабля на аэродроме получили подтверждение о выполнении задания. Оказалось, что костры на земле не зажигали из-за особенно активных в эту ночь действий немцев. Кроме Югославии Могильницкий летал на спецзадания в Австрию. Польшу и Чехословакию. За успешное выполнение полетов в интересах Народно-освободительной армии Югославии весь экипаж был награжден, а старший лейтенант Могильницкий получил югославский орден Партизанская звезда II степени.
В конце, войны 15 гв. БАД (бывшая 5 гв. АД ДД), куда входил ставший 271-ым гвардейским 337-й авиаполк, активно участвовала в освобождении Венгрии. В этот период экипажу доверили роль осветителя. Он должен был первым выйти на цель, в строго определенное время сбросить осветительные и зажигательные бомбы, затем в ходе налета оставаться в этом районе и по мере необходимости сбрасывать САБы. Могильницкий совершил 20 таких полетов. В одном из них в ясную лунную ночь на 8 марта 1945 г. самолет был атакован двумя истребителями. Командир корабля выполнил энергичный маневр со снижением под вражеские самолеты, а его стрелки в это время открыли огонь. Один из "мессеров" стал резко терять высоту, а второй, дав очередь, не задевшую В-25, скрылся в темноте. Однако, отбившись от истребителей, бомбардировщик оказался в зоне действия зениток, и в момент сброса САБов на станцию Веспрем в самолет попал снаряд. Машина стала крениться вправо, но осталась управляемой, и летчик решил довести работу до т конца. Во втором заходе сбросил фугасные бомбы и повел израненный самолет на свой аэродром.
И после войны Аркадий Самойлович остался в своем полку, базировавшемся сначала в Венгрии. Очень много летал с молодыми пилотами, используя старый инструкторский опыт. Летом 1946 года 251 гв. БАП направили на Чукотку для проведения аэрофотосьемки. Первая эскадрилья, где Могильницкий оставался командиром звена, летала с построенного в свое время для перегонщиков аэродрома Марково. За полтора месяца в непривычных северных условиях задание было выполнено. Возвращались к месту нового базирования в Бердичев с приключениями. На перегоне Новосибирск – Свердловск эскадрилья столкнулась с грозовым фронтом, была вынуждена отвернуть в Курган и садиться на первой пригодной площадке. Ею оказался аэродром местного аэроклуба. Могильницкий приземлялся последним под ливнем и градом при минимальной видимости. В результате его В-25 сел на стоянке между По-2, но летчик сумел сманеврировать и избежать столкновения.
В 1949 году полк перешел на Ту-4. Надо заметить, что для летчиков это означало не просто переучивание. От будущих командиров этих машин требовали не только профессиональной подготовки, но и соответствия массе других, иногда весьма далеких от авиации требований, в том числе и особой политической надежности. Возможно, это было необходимо. Могильницкий этот экзамен выдержал. Летал еще несколько лет, стал заместителем командира эскадрильи, но в 1953 году, получив прекрасную аттестацию был из армии уволен. Окончил институт и до последних дней жизни трудился на одном из московских заводов.
А. С. Могильницкий награжден орденами Боевого Красного Знамени, Красной Звезды, двумя Отечественной войны I степени, югославской Партизанской звездой II степени.