Папский университет в Тулузе был основан в год великой победы в 1229 г. Он должен был стать центром воинствующего богословия и оказывать поддержку нищенствующим орденам, в частности доминиканцам, в искоренении ереси. Обвиненные еретики передавались светским властям для вынесения приговора. В Италии император Фридрих II и папа соперничали друг с другом в составлении нового законодательства против еретиков. Император, в присущей ему манере, перехватил лидерство. Он требовал сожжения еретиков на костре, поскольку он видел в каждом бунтовщике против власти еретика. Итальянские города не приняли оба предложенных законодательства, имперское и папское. Папа объявил о вступлении в силу своего закона на папских территориях в 1231 г., а в 1232 г. закон о казни еретиков на костре был утвержден в империи. С 1233 г. папа проводил политику насаждения инквизиции в городах Италии. Восстания против трибуналов инквизиции, происходившие в Италии, Южной Франции и Германии во второй половине XIII в., были свидетельством народного сопротивления этим новым беспрецедентным законодательным мерам. С появлением инквизиции Средние века перестают быть «открытыми». Появляются «закрытое» общество, «закрытая» церковь и «закрытое» государство позднего Средневековья.
Это объяснялось основным правилом, которым руководствовалась инквизиция: «Не может быть никаких споров с еретиками. Если еретик обретет веру, его следует принять обратно в общение, если он отказывается верить, ему следует вынести обвинительный приговор». Инквизиция не нуждалась в каких-либо диспутах с людьми противоположных взглядов, которые имели место в открытом мире XII столетия. Инквизиция признавала только полную капитуляцию, окончательное подавление сознания и интеллекта.
Все это имело ряд серьезных побочных последствий. Доносить на еретиков стало считаться обязанностью каждого истинно верующего, обвиняемому не раскрывали имени доносчика; все имущество еретиков подлежало конфискации, в соответствующем размере оно передавалось государству, информатору и церкви. Сопротивление, оказываемое инквизиции, удалось постепенно сломить только решительными действиями папства; особенно был известен Иннокентий IV, который снова и снова выступал в поддержку религиозной миссии фанатиков-инквизиторов. Институт инквизиции формировался медленно, шаг за шагом, пока он не превратился в безжалостную машину. Катары принимали смерть в спокойной убежденности своей правоты, следуя своему девизу «Блажен тот, кого преследуют за правое дело». Они говорили: «Нет смерти более блаженной, чем огненная смерть».
Несмотря на все преследования, катары просуществовали в Южной Франции до 1244 г. В Северной Франции начиная с 1233 г. подпольное движение катаров безжалостно искоренялось. Выжившие спасались бегством в Италию, где за катарами вновь начинали охоту секретные агенты инквизиции. Катары бежали из Прованса не только в Италию, но и в Каталонию, которая имела тесные связи с их родиной. Как только инквизиции был открыт доступ в Испанию, она превратилась в страну «двух наций». С одной стороны, была свободолюбивая, неортодоксальная «францисканская» Испания с центром в Каталонии, которая дала убежище многочисленным группам катаров, а также вальденсам. Но была и другая Испания – страна святого Фернандо Кастильского (правнука королевы Алиеноры), который своими руками подбрасывал дрова в костер, на котором сгорали еретики. В первой трети XIII в. в Кёльне, Страсбурге, Госларе, Эрфурте и в городах на Дунае еще существовали отдельные группы катаров. Богемия приняла у себя беглецов катаров и вальденсов, которые стали предшественниками Яна Гуса.
Генеральным инквизитором Франции был Робер ле Бугр. Само его имя указывает на то, что в его семье были еретики («Бугр» или «булгар», то есть еретик); в итоге он окончил свои дни в королевской тюрьме. В Германии в 1231–1233 гг. главным инквизитором был Конрад Марбургский, который оставил после себя выжженную пустыню. Конрад, устраивавший массовые сожжения еретиков, был исповедником и духовным наставником святой Елизаветы Венгерской, принцессы, проживавшей в Германии с детства, ставшей одной из самых почитаемых средневековых святых. Три года Конрад свирепствовал по всей Германии, преследуя еретиков; его помощниками были Конрад, известный как Дорсо, и некто однорукий и одноглазый Иоанн.