Сохранилась молитва святого Фомы Аквинского; в ней он просит Бога даровать ему бодрость духа, но без излишней легкости, и мудрость, но без возношения. «Сицилийский вол» (как его в восхищении называли братья) вмешался в интеллектуальные споры своего времени с добрым душевным расположением и спокойствием, которые в наши дни трудно представить. Во всем его обширном письменном наследии имеются лишь несколько моментов персональной полемики. Он всегда контролировал себя, ко всем вопросам подходил трезво и взвешенно, давал полностью высказаться своему оппоненту. Его методы ведения полемики и академических дебатов были отточены до совершенства, чего не могли добиться все ученые, бывшие до него и после. Фома Аквинский, работая в университете и занимаясь философскими исследованиями, смог сохранить традиционный подход, уже не существовавший нигде в мире, к ведению открытой дискуссии по самым сложным проблемам с наиболее несговорчивыми противниками.
Фоме Аквинскому противостояли два правых и два левых направления в интеллектуальной жизни. Правых консервативных взглядов придерживались университетские теологи и францисканцы. Левое крыло представляли свободно мыслящие профессора и радикальные аверроисты, поддерживавшие Сигера. В 1277 г. епископ Тампье осудил латинский аверроизм, выделив 219 неприемлемых тезисов в работах аверроистов. Этот шаг епископа привел к тому, что Фома Аквинский вместе с Сигером и другими «атеистами» оказался в одной и той же лодке, не говоря уже об амальриканах и всяких политических и религиозных фанатиках.
Для сторонников правых взглядов Фома был революционером и очень опасным человеком. Люди левых взглядов полагали, что он остановился на полпути. Традиционалисты и францисканцы упрекали его в том, что с его помощью в теологию университета и церкви проникли мрачная фигура Аристотеля и его еще более опасные толкователи, что он открыл дверь для еврейских, арабских и античных философов. Особо острой критике со стороны францисканцев Фома подвергался в период 1265–1270 гг.
Опираясь на учение святого Августина, францисканские теологи и философы оставались верными одной из старейших школ традиционной теологии, в которой рассматривались вопросы Божьей благодати и любви, конфликт между естественным и сверхъестественным, между духом и плотью. Гордый интеллект был врагом христианского гуманизма. Этот способ мышления имел сильную эмоциональную окраску. Фому Аквинского обвиняли в том, что он предал Христа и церковь, отдавшись играм разума. Нельзя отрицать, что Фома, сын одного из наиболее верных вассалов Фридриха II (он был ему дальним родственником) и брат придворного миннезингера, был гораздо ближе по духу Сигеру Брабантскому, чем францисканцам и традиционной школе. Жадный до новых знаний, Фома полностью отдавался изучению вновь открытых древних текстов. Он читал труды Аверроэса и Авиценны еще в самом начале своего жизненного пути (хотя вначале он и не оценил громадную прикладную значимость прочитанного). По мере того как осуществлялись все новые переводы античных, арабских и еврейских текстов, он все больше погружался в изучение этой литературы. На взгляды Фомы Аквинского, Альберта Великого и Майстера Экхарта большое влияние оказали труды Маймонида, великого представителя неоиудаизма, еврейской «эпохи Просвещения».
В то время как правые обвиняли Фому в преклонении перед разумом и в твердом следовании научному методу, в том, что он был представителем рациональной и спекулятивной философии, левые ставили ему в вину нерешительность и неспособность сделать окончательный вывод. Они порицали все его попытки защитить учение Аристотеля, всех арабских философов-рационалистов с помощью теологии, что могло только исказить смысл того, что он защищал.