Тем не менее в 1230–1250 гг. основные научные трактаты Аристотеля и арабских комментаторов, попавшие под запрет, приобретали все большую популярность в Парижском университете. В 1245 г. Роджер Бэкон в своих лекциях об учении Аристотеля часто обращался к арабским философам-комментаторам. Некоторое время спустя стало ясным, что среди преподавателей факультета свободных искусств имеются немногочисленные, но последовательные сторонники учения Аристотеля. Все они были северянами, выходцами из Северной Франции, Северной Германии и Скандинавии: Сигер Брабантский, Боэций Дакийский (он был датчанином или шведом) и Госвен де Ла-Шапелль из Нидерландов. Их фундаментальную позицию отражают слова Сигера: «Мы не обсуждаем чудеса Божьи; чем мы действительно обязаны заниматься, так это обсуждать естественные вещи с точки зрения естественных законов». Боэций замолчал после обвинения, выдвинутого против него в 1277 г. К сожалению, мы мало знаем о нем; неизвестно, откуда он был родом и когда умер. Боэций был автором одного из наиболее известных трактатов Средневековья по теории грамматики
Все еще продолжаются споры о мировоззрении Сигера Брабантского (родился около 1249 г., убит сумасшедшим в тюрьме в Орвието в 1282 г.). Его считают своим одновременно Восток и Запад. В одном манускрипте того времени утверждается, что еще в 26-летнем возрасте он наметил основные цели своих будущих научных исследований, и о нем говорится, как о «Сигере Великом». Однако теолог Дунс Скот считал, что любой ученый, который придерживается глубоко ошибочных взглядов, ставит себя вне рамок человеческого общества. Петрарка такими словами описывал Аверроэса, главного авторитета Сигера: «Сумасшедший пес, бросающийся в слепом безумии на Христа и Господа и католическую веру». Сигер оказался в эпицентре жарких диспутов, проводившихся во второй половине XIII в. в Парижском университете. Партия Сигера в течение нескольких лет отказывалась признать результаты выборов ректора, состоявшихся в 1271 г. В глазах студентов и преподавателей, восхищавшихся Сигером, он был последовательным поборником автономии разума, «чистого» знания, свободного от любого теоретического ограничения. Человек, обладающий знанием, подобен истинному пророку. «Бодрствуй, учись, читай, и, если у тебя осталось хоть какое-то сомнение, пусть оно подвигнет тебя к дальнейшему исследованию непознанного, поскольку жизнь без знания это смерть, могила для несовершенного человека». «Чистый разум» может ничего не знать о предопределении или свободной воле, но необходимо признать, что мир существовал вечно и не был сотворен и что все люди содержат в себе одну и ту же божественную душу; индивидуальная душа не вечна. Религия была необходима для простого народа, но не для образованных людей. Догматы питали веру, но часто разум учил совершенно противоположным вещам. Сигер придерживался теории цикличности, которая была общеизвестна во времена Античности. История была циклична, все регулярно повторялось, включая судебные системы и религии. Мир находился в саморазвитии, управляясь собственным механизмом; только располагавшиеся на его периферии звезды, обладавшие интеллектом небесные создания, могли оказывать какое-либо влияние. Материя, движение и время – вечны, люди – преходящи; однако их души были частью умной души всего человечества. «Свобода воли», строго говоря, была пустой фразой. Жизнь каждого человека была предопределена существовавшими законами. Добро заключалось во всем полезном для человеческого рода, зло – во всем, что вредило ему.
За год до того, как учение Сигера было впервые осуждено, в 1269 г. Фома Аквинский был вызван в Париж для того, чтобы продолжить чтение лекций, несмотря на то что устав университета разрешал монахам нищенствующих орденов чтение только одного курса лекций. В его помощи университет сильно нуждался, чтобы противостоять сторонникам Аверроэса. Диспут между Фомой Аквинским и Сигером считался всеми одним из главных событий в интеллектуальной жизни XIII в. Когда Фома, изнуренный болезнями, скончался в 1274 г., Альберт Великий, его учитель и друг, продолжил борьбу.