Пребывая в духовной изоляции и в смятении духа, эти францисканцы-спиритуалы пришли к собственному пониманию истории, даже еще до того, как они попали под влияние Иоахима. Провозгласив, что Франциск – это получивший новую жизнь Христос, спаситель и искупитель, который откроет столь долгожданный Новый век, они пришли в согласие со своей совестью и получили оправдание своему сопротивлению. Они вели битву на трех направлениях: против доминиканцев, против императора Фридриха II и против папы. Причем борьба с доминиканцами не была выражением привычного соперничества между монашескими орденами, характерного для Средних веков, но была следствием глубокого убеждения францисканцев в правоте своей духовной версии всемирной истории. Бог предназначил одному-единственному ордену вести людей в Новый век Последних дней, и именно выполнение этой задачи легло на плечи братству святого Франциска. Отказ от завещания святого Франциска и изменения в уставе ордена были первой и основной причиной открытого разрыва между спиритуалами и Римом. Во второй половине XIII в., но прежде всего в XIV в. спиритуалы заключили несколько важных союзов в их борьбе с Римом. Они стали инструментом в руках князей и императоров (например, их использовал в качестве политических пропагандистов Людвиг Баварский), францисканцы были в окружении Жанны д’Арк. В XIII–XVI вв. францисканцев-спиритуалов продолжали сжигать на кострах как еретиков.
Прямая связь установилась между спиритуалами и иоахимитами (скорее, их следовало бы назвать неоиоахи-митами, которые по-своему интерпретировали исторические и космологические идеи Иоахима Флорского), когда в 1241 г. аббат Иоахимитского ордена бежал во францисканский женский монастырь в Пизе, опасаясь угроз Фридриха II разрушить его резиденцию. Он привез с собой много сочинений Иоахима. Как спиритуалы, так и иоахимиты видели в императоре Антихриста, или, по крайней мере, его предтечу. Францисканец Джерардо из Борго-Сан-Доннино приехал из Пизы в Париж, где он опубликовал в 1254 г. «Введение к Вечному Евангелию». В это издание, от которого не сохранилось ни одного экземпляра, входили три основных труда Иоахима Флорского с предисловием францисканца и глоссами, объяснявшими, по его мнению, основополагающие понятия этих трудов. Представляется, что Джерардо не комментировал подробно содержание «Вечного Евангелия», это было просто невозможно. Он хотел донести до читателя ту мысль, что это Евангелие коренным образом меняет Евангелие Христа, что уже нет нужды во всяких знаках и символах и это все уже принадлежит прошлому. Старая церковь завершает свое существование. Новая эра должна начаться в 1260 г., и те, кому предназначено стать членами новой церкви Святого Духа, могут возрадоваться.
Джерардо публично и письменно выразил те мысли, что уже давно зрели в умах иоахимитов и спиритуалистов в Италии, Южной Франции и Испании. Но случилось так, что он высказал их в Париже в то время, когда университет переживал внутренний кризис. Секулярные профессора ухватились за эту возможность, чтобы обличить нищенствующие ордены в ереси, обвинить их в том, что они создают благодатные условия для совращения студентов и превращения их в фанатиков.
В 1255 г. Джерардо подвергся церковному осуждению. Здесь нет места, чтобы подробно описывать преследование спиритуалов церковью, которое продолжалось полтора столетия. Необходимо лишь сделать одно важное замечание о том, насколько радикально изменилось их представление об истории с тех пор, как они были загнаны в подполье. Их идеи приобрели политическую окраску и стали более секулярными. Тот образ, который они создали себе, – постоянно гонимых «бедных людей Христа», находившихся в постоянном конфликте с Римом и всем миром, – будет существовать еще долгое время.
В 1298 г. в Нарбонне (в прошлом культурный центр Прованса и движения катаров) умер францисканец Петр Иоанн Оливи, не единожды осужденный церковью. Его «Письмо», адресованное сыновьям неаполитанского короля Карла II Анжуйского, и «Комментарий на Апокалипсис» отражают взгляды спиритуалов на историю. Всемирная история должна пройти через три священных этапа: царство Отца, царство Сына и царство Святого Духа. Все новое приходит только через тяжкие муки, сопровождаемые страданиями и преследованием. «Третье царство», царство Святого Духа и свободы, придет с помощью спиритуалов, а преследовавшая их Римско-католическая церковь будет разоблачена как Антихрист. Папская церковь, властолюбивая и жадная, была новым Вавилоном, которая еще имела силы подавить движение францисканцев, но была обречена на скорое поражение. Франциск был «новым человеком», новым вождем преображенного человечества.