Местные иноки не желали расставаться с мощами Филиппа и даже пытались скрыть то место, где они были закопаны. Однако грамота Федора Ивановича и настойчивость соловецких посланцев сделали свое дело. Место, где был погребен Пастырь, начали раскапывать в присутствии епископа. К тому времени в монастыре оставались люди, помнившие, как хоронили Филиппа. И они предупредили землекопов: придется поработать — гроб заложили глубоко. Каково же было их удивление, когда его крышка отозвалась глухим звуком на удар лопаты, едва вонзившейся в землю!
То, что произошло при вскрытии гроба, Житие представляет как большое чудо, совершившееся при множестве свидетелей. Сначала гроб не могли поднять, хотя и прикладывали общие усилия нескольких работников. Епископ Захария счел, что для такого случая требуется не сила, а вера. Он коснулся досок, обращаясь к Филиппу с молением о прощении. Тогда гроб сам по себе сдвинулся с места. «И было благоухание по всему городу. Открыв гроб святого, обрели в нем целые и нерушимые мощи. Лицо его сияло, а одежд не коснулось тление».
Епископ первым поцеловал мощи, а вслед за ним потянулись к открытому гробу священники, монахи и местные жители всякого звания. У мощей они просили прощения за грехи, молили Филиппа быть небесным заступником за Тверь.
Лишь когда прощание с митрополитом закончилось, игумен Иаков с братией погрузили гроб на речное судно. Иноки проделали часть дороги по реке, затем переложили мощи на телегу и повезли их через половину России, к Белому морю. Добравшись до побережья, монахи переместили мощи с воза на корабль. Когда по Соловецкому архипелагу прошла весть о возвращении старинного «хозяина» островов, у причалов собралась толпа народу, из монастырских ворот вышли священники с кадилами и монахи со свечами. От пристани до соборной церкви домовину несли на руках под пение молитв.
Когда-то Филипп — еще не митрополит, а соловецкий игумен — занялся строительством большой Спасо-Преображенской церкви. Не чая отъезда в далекую Москву, он, бывало, говаривал: «Здесь-то и поселюсь на веки вечные…» Теперь это было воспринято как пророчество: где святой
Порой в церковной, краеведческой и популярной литературе о святителе Филиппе встречаются утверждения, будто он собственными руками «ископал» себе могилу, куда и был впоследствии опущен гроб с его мощами. Собственно, нет ничего экстраординарного в том, что монашествующий выкапывает себе могилу или даже сколачивает гроб. Русская церковная старина знает немало подобных поступков. Но в данном случае было совсем другое: несколько фраз из Жития святителя нашли превратное толкование, которое многократно повторено в поздней литературе. Вот точные слова Жития — там, где речь идет о погребении перенесенных мощей: «По совершении же утреняго славословия, егда уготовлыие место, иде же хотяше почити, целоваше тело святого с подобною честию. Ту же и погребоша, иде же сам уготова». Выше же говорится о Преображенском храме, каковой действительно был «уготован» трудами покойного. В другой версии: «…и погребоша честные его мощи с подобною спочестию у всемилостиваго Спаса на северной стране, идеже сам себе место уготова, егда созидаше сию церковь и глаголаше: «Се покой мой, зде вселюся в век века». Ясно видно: место для погребения святителя определено самим фактом строительства им Преображенского собора и, возможно, высказанным еще при жизни пожеланием быть похороненным у его стен. Зато в другом месте Жития — там, где речь идет о строительстве Спасо-Преображенского собора, — сказано достаточно определенно: «У тое же церкви всемилостивого Спаса под храмом преподобных отец Зосимы и Савватия сам себе ископа гроб своима рукама». Но утверждение о том, что соловецкий игумен собственноручно выкопал себе могилу, следует поставить под сомнение. Как мог Филипп сделать это за три с половиной десятилетия до перенесения мощей на Соловки?! Что осталось бы от могильной ямы?