В Преображенском соборе Никон отстоял молебен с соловецким настоятелем, иноками и богомольцами из «посольства». Присутствующие обращались к Филиппу, прося его прийти с дальних островов в сердце России — Успенский собор. После этого митрополит Новгородский достал царскую грамоту и принялся читать ее у раки с мощами святого Филиппа. В ней Алексей Михайлович молил давно ушедшего из земной жизни митрополита о прощении грехов своего «прадеда», царя Ивана IV. Биографы святого Филиппа подчеркивают в основном вероисповедный, покаянный смысл грамоты, но был и другой — чисто политический. Иван Грозный из правящего дома московских Рюриковичей не являлся прадедом Алексея Михайловича — второго государя молодой династии Романовых. Он приходился Алексею Михайловичу отдаленной родней по первой жене, царице Анастасии Романовне Захарьиной-Юрьевой, из рода которой вышли Романовы. При избрании на царство первого Романова, Михаила Федоровича, это родство с Иваном Грозным было важным фактором. Претендентами на трон выступали многие семейства, в том числе и более родовитые, нежели Романовы. Но связь с «царской кровью» через замужество Анастасии легитимизировала их права на престол. Это был шаткий аргумент, и поэтому Михаил Федорович чувствовал себя на троне не очень уютно. Как минимум дважды он мог потерять царство: на излете Смуты, когда польский королевич Владислав оспаривал его права, располагая вооруженной силой, а также в 1630-х годах, во время кризиса, последовавшего за поражениями от того же Владислава под Смоленском. Сын его, Алексей Михайлович, мог быть более уверен в своем положении: он получил царство по наследству от царя, в его лице династия прочно утвердилась на престоле. Но ее история все еще была слишком коротка — менее сорока лет! В Византии некоторые династии и за более краткий срок познавали возвышение и падение… Алексей Михайлович понимал: новая смута может пресечь правление Романовых. А потому он пользовался разными возможностями, чтобы подчеркнуть законность перехода к его роду прав, ранее принадлежавших Рюриковичам. Покаяние перед персоной, обиженной в царствование Ивана IV, принесенное не кем-то, а самим государем, означало для современников, что Романовы готовы сполна расплатиться за своих предшественников. Новая династия брала на себя долги прежней: не только материальные обязательства, но и всю память о ее деяниях в духовном смысле. Следовательно, и обязанности подданных по отношению к государям, происходившим из боярского семейства, ничуть не уменьшились по сравнению с тем, что было во времена устоявшейся царской династии Рюриковичей.
Таким образом, обращение к памяти Филиппа для правящего дома Романовых было не только и даже не столько униженным покаянием, сколько духовным и политическим возвышением.