Несмотря на окрики и тычки опричников, за возом с Филиппом шла толпа людей. Они молчали – слово вымолвить было боязно, как бы не оказаться в застенке… Толпа двигалась молча, у некоторых текли слезы. Митрополит осенял их крестным знамением, призывал молиться Вседержителю и принимать все скорби с радостью.
Кремлевские стены остались за спиной. Филиппа везли мимо Никольского крестца, за Ветошный ряд. Там, в сердце Китай-города, стоял Богоявленский монастырь. Он славился древностью, а в будущем прославится еще больше как крупный центр духовного просвещения. Однако, как пишет современный биограф митрополита Филиппа, В.А.Колобков, «…Иван IV едва ли руководствовался подобными соображениями. В отличие от большинства монашеских объединений Богоявлений монастырь был особножитийным. Лишенные обычного повседневного общения, монахи жили в нем независимо друг от друга. Для царя, стремившегося любой ценой изолировать низложенного митрополита, именно такой монастырь казался самым надежным местом заключения».
У самых ворот митрополит сказал негромко, так, что услышали немногие: «Пастырь добрый душу свою полагает за овец»…
Этой обители суждено было стать временным пристанищем Филиппа. Тут его содержали худо: царь гневался на архиерея и кто осмелится помочь ему?
Вскоре Филиппа отвезли на митрополичий двор. «Почетной охраной» служили ему все те же опричники, бившие его метлами и бранившие. Но вот настал момент встречи с государем. Царственный режиссер еще не завершил свою постановку. Арест врага совпал с антрактом, теперь начиналось второе действие.
Совсем обойтись без церковного суда в таком деле было неудобно. Поэтому на митрополичьем дворе собрались русские архиереи, которым Иван Васильевич велел провести новое судилище. Вновь приказные люди извлекли из мешочков столбцы «розыскной» комиссии, вновь послышались обвинения, записанные со слов лжесвидетелей. Оказались тут и соловецкие иноки, но что они говорили, стойко ли держались или все-таки вымучили из них признания против прежнего настоятеля, понять невозможно. Похоже, страдая душой, монахи цедили по словечку… Немногословен был главный «свидетель обвинения» – новый соловецкий игумен Паисий. Царь остался недоволен, Филипп же бесстрашно напомнил о примере Иуды.
Дело, состряпанное на основе лжи и клеветы, трещало по швам. Филипп не только отрицал свою вину, он еще и продолжал, перед всем церковном собором обличать царя за его опричное «неистовство». По одному свидетельству современников-иноземцев, митрополит сказал «Я жил в святом месте, в христианской общине Соловецкого монастыря, честно, праведно, справедливо. Не стоит упрекать меня в пороках». Житие добавляет: «А если и бывал чего-то недостоин, то поступал так не ради суетных дел». Обратившись к самому Ивану Васильевичу, митрополит требовал оставить опричнину – «неугодное начинание». Он призывал царя держаться благих обычаев прежних государей. Он говорил: «И твоего высокого сана не пощадит смерть, вонзит в тебя ядовитые зубы. Помня о ее немилосердном пришествии, государь, копи на небе сокровища – плоды добродетелей. Все, что собрал на земле, здесь же и оставишь, наг отвечать будешь о своей жизни».
Неожиданная твердость Филиппа произвела на соборе настоящее смятение. Иван IV пришел в ярость и велел опричникам увести его. «Представление» пошло совсем не так, как планировалось. Сопровождая Филиппа, охранники размышляли вслух: «К чему он противится государю? Не прикончить ли его прямо здесь, прямо сейчас?! Один такой выискался, обличитель!»